يشهد معبر رأس جدير الحدودي إجراءات أمنية صارمة، إذ تم اتخاذ إجراء يتمثل في إخلاء منطقة الإجراءات بالمعبر من غير الأمنيين، بما يضمن لأعوان الأمن التركيز اللازم عند القيام بالتفتيش والمراقبة وبتأمين سائر خدمات العبور. كما يشهد المعبر تعزيزات أمنية بسبب تدهور الأوضاع في ليبيا وما رافقها من تدفق لآلاف الوافدين يوميا من الليبيين بالخصوص وكذلك من التونسيين ومن عدد من الجنسيات الأخرى