في سنة 801 هجرية دعى السّلطان الظّاهر ابن خلدون الى تقلّد وظيفة القضاء مرّة ثانية لكن جلوسه للقضاء لم يدم طويلا إذ توفّي الظّاهر وأراد ابن خلدون زيارة بيت المقدس للتبّرك فأذن له السّلطان فرج فزار ابن خلدون القدس والخليل وغزة وبيت لحم وعندما عاد الى القاهرة كان قرار العزل في انتظاره . أستأنف ابن خلدون التدريس من جديد الى أن تناهى خبر وصول المغول الى دمشق بقيادة تيمورلنك فيقول عن هذه الرحلة «لما وصل الخبر الى مصر بأنّ الأمير تمرملك بلاد الرّوم، وخرّب سيواس، ورجع الى الشّام، جمع السّلطان عساكره، وفتح ديوان العطاء، ونادى في الجند بالرّحيل الى الشّام، وكنت أنا، يومئذ،معزولا عن الوظيفة، فأستدعاني دوادراره يشبك، وأرادني على السّفر معه في ركاب السّلطان، فتجافيت عن ذلك، ثمّ أظهر العزم عليّ بليّن القول، وجزيل الإنعام، فأضحيت، وسافرت معهم منتصف شهر المولد الكريم من سنة ثلاث، فوصلنا الى غزّة فأرحنا بها أيّاما نترقّب الأخبار،ثمّ وصلنا الى الشّام مسابقين الطّطر الى أن نزلنا شقحب، واسرينا فصبّحنا دمشق، والأمير تمر في عساكره قد رحل من بعلبك قاصدا دمشق، فضرب السّلطان خيامه وابنيته بساحة قبّة يلبغا، ويئس الأمير تمر من مهاجمة البلد، فأقام بمرقب على قبّة يلبغا يراقبنا ونراقبه أكثر من شهر،تجاول العسكران في هذه الأيّام مرات ثلاثا أو أربعا، فكانت حربهم سجالا، ثمّ نميّ الخبر الى السّلطان وأكابر أمرائه، أنّ بعض الأمراء المنغمسين في الفتنة يحاولون الهرب الى مصر للثّورة بها، فأجمع رأيهم للرجوع الى مصر خشية من انتفاض الناس وراءهم، واختلال الدولة بذلك، فأسروا ليلة الجمعة من شهر (.....)وركبوا جبل الصّالحيّة، ثمّ أنحطّوا في شعابه، وساروا على شافة البحر الى غزّة،وركب النّاس ليلا يعتقدون أنّ السّلطان سار على الطّريق الأعظم الى مصر، فساروا عصبا وجماعات على شقحب، الى أن وصلوا الى مصر، وأصبح أهل دمشق متحيّرين، قد عميت عليهم الأنباء. وجاءني القضاة والفقهاء،وأجتمعت بمدرسة العادليّة، وأتّفق رأيهم على طلب الأمان من الأمير تمر على بيوتهم وحرمهم، وشاوروا في ذلك نائب القلعة، فأبى عليهم ذلك ونكره، فلم يوافقوه، وخرج القاضي برهان الدّين ابن مفلح الحنبليّ ومعه شيخ الفقراء بزاوية (......)فأجابهم الى التأمين، وردّهم باستدعاء الوجوه والقضاة، فخرجوا إليه متدلّين من السّور بما صبّحهم من التّقدمّة، فأحسن لقاءهم، وكتب لهم الرقاع بالامان وردّهم على أحسن الأمال، وأتّفقوا معه على فتح المدينة من الغد، وتصرّف النّاس في المعاملات، ودخول أمير ينزل بمحلّ الإمارة منها، ويملك أمرهم بعزّ ولايته».
