تناقش جامعة الزيتونة التونسية سنويا أكثر من 50 رسالة من درجات الماجستير والدكتوراه في العلوم الإسلامية بالإضافة إلى تكفلها بطبع ونشر بعض الأطروحات المتميزة. ويضاف إلى إصدارات الجامعة ومطبوعاتها مجلتي "المشكاة" و"التنوير" المتخصصتين. ويوجد بالجامعة مكتبة مركزية تحوي أكثر من 60 الف كتاب، و531 رسالة جامعية، وكثير من الإصدارات والمجلدات وأمهات الكتب الإسلامية. وقال رئيس الجامعة سالم بويحي أن الجامعة وبالإضافة إلى ذلك تنضم العديد من الندوات والمؤتمرات واللقاءات المحلية والدولية ولها اتفاقيات مع العديد من الجامعات الإسلامية والعربية والأجنبية. وكشف بويحي عن مشاريع مستقبلية تعتزم الجامعة إنشاءها كمؤسسة جديدة تختص في التكوين في مجال الحضارة الإسلامية والحضارات المقارنة، وإحداث أستاذية ثانية في المعهد الأعلى لأصول الدين في اختصاص الحضارة واللغات، بالإضافة إلى إحداث أستاذية ثالثة بالمعهد الأعلى لأصول الدين في اختصاص "تقنيات صيانة التراث الإسلامي". وأكد بأن نظام الدراسة بالجامعة يهدف إلى تحقيق ضمان تكوين معرفي يؤهل المتعلم لاكتشاف ما في قيم الإسلام عقيدة وفكراً وحضارة من أسباب الارتقاء بالذات البشرية إلى مصاف الشخصية الحرة المسؤولة المقتدرة على الجمع بين الوفاء لنبل مقاصد الدين وضرورة الاستجابة السليمة لمقتضيات الحياة، وترسيخ الوعي بأن الفكر الإسلامي، في كل أبعاده هو ثمرة الجهد الذي بذلته أجيال العلماء المبدعين والمجتهدين. وأشار إلى أن الجامعة ستضل رمزا يختزل مدرسة فكرية دينية قوامها تسامح دائم ونظرة متجددة إلى الدين والتاريخ، وتوق إلى حياة روحية خصبة، وعمل دؤوب لخير الإنسانية، وتمكين المتعلم مما يؤهله للتفاعل المعمق مع الثقافات والحضارات وإثراء الفكر الإسلامي والإنساني. وعن تكوين جامعة الزيتونة يؤكد سالم إن التكوين الأكاديمي بحكم كونه ينتمي إلى جامعة إسلامية، إنما يعود بالأساس إلى العلوم الإسلامية تضاف إليها العلوم الإنسانية التي تعتبر ضرورية مثل علم الاجتماع، وعلم النفس والانثربولوجيا، وعلم الاقتصاد، ومقارنة الأديان مع الاهتمام باللغات الأجنبية والمواضيع الراهنة مثل حقوق الإنسان. مضيفا بأن الجامعة تهتم بالتكوين الثقافي الذي يعد أساسياً بجامعة الزيتونة، عبر النوادي والرحلات الدراسية والاستطلاعية واللقاءات الفكرية. أما التكوين الرياضي فيتم عبر ممارسة مختلف الألعاب الرياضية. ويتبع جامعة الزيتونة المعهد الأعلى لأصول الدين، والمعهد الأعلى للحضارة الإسلامية، ومركز الدراسات الإسلامية بالقيروان. ويبن رئيس الجامعة بان المعهد الأعلى لأصول الدين يمنح أستاذية في العلوم الشرعية والتفكير الإسلامي، وهو خاص بالتونسيين في المرحلتين الأولى والثانية، كما يقوم بتكوين طلبة الدراسات العليا في جميع الاختصاصات الراجعة بالنظر إلى جامعة الزيتونة "الماجستير" و"الدكتوراه" في العلوم الإسلامية. أما المعهد الأعلى للحضارة الإسلامية فإنه يضطلع بتكوين الطلبة الوافدين في العلوم الإسلامية وبتنظيم تدريس اللغة العربية في مرحلة تمهيدية مدة سنة أو سنتين حسب حاجة الطلبة الذين لا يحسنونها ومراعاة لمتطلبات بلدانهم وتضم المرحلة الثانية ثلاثة اختصاصات: أصول الدين –الشريعة– الحضارة الإسلامية وأغلب طلبة هذا المعهد يحصلون على منح تونسية ويتمتعون بكل الخدمات الجامعية من سكن ونقل ورعاية صحية. أما مركز الدراسات الإسلامية بالقيروان فيبين بويحي هنا الى أنها مؤسسة للبحث اعلمي تتمثل مهامها بالتعريف بالحضارة الإسلامية وما قدمته للحضارة الإنسانية، وتوفير المعلومات الموضوعية التي تساعد على فهم الإسلام، ودعم البحث العلمي وتطويره وانجاز الدراسات والبحوث في ميدان العلوم الإنسانية والتعريف بإعلام تونس وافريقية في مجال العلوم الإسلامية. واستعرض رئيس الجامعة بعضا من نشاطات الجامعة كعقد ندوات علمية يشارك فيها المختصون من تونس والعالم الإسلامي وباقي بلدان العالم. وعن الشهادات التي تمنحها الجامعة وتخصصاتها أشار الى أن الجامعة تمنح شهادات علمية في الدراسات الجامعية للمرحلة الأولى في العلوم الشرعية والتفكير الإسلامي، والدراسات الجامعية للمرحلة الأولى في العلوم الإسلامية، والشهادة الوطنية للأستاذية في العلوم الشرعية والتفكير الإسلامي، والشهادة الوطنية للأستاذية في العلوم الإسلامية، وفي اختصاص أصول الدين، وشريعة إسلامية، وحضارة إسلامية، و تمنح أيضا شهادة الماجستير في اختصاص أصول الدين، الشريعة الإسلامية والحضارة الإسلامية وتمنح الدكتوراه في العلوم الإسلامية بالإضافة إلى الدكتوراه الفخرية. وحول تطوير مناهج التدريس في الجامعة يؤكد رئيس الجامعة أن نظام الجامعة يتطور باستمرار، ويندرج ضمن إصلاح التعليم العالي مسايرة للتعليم الأوروبي المتقدم، حيث يمنح الطالب إجازة تطبيقية في فنون التراث الإسلامي بعد مرحلة على سنوات من حصوله على الإجازة، وبالتالي تفتح آفاق جديدة للطالب للحصول على فرص عمل في مجالات متنوعة. وبالمناسبة فإن المعهد الأعلى للحضارة الإسلامية التابع للجامعة يخرج الكثير من المتخصصين في مجالات تخصصية معينة سواء للتونسيين أو لغيرهم ممن يدرسون بالمعهد. كما يمنح المعهد الأعلى لأصول الدين التابع للجامعة الماجستير والدكتوراه للدارسين في تخصصات قسمة الفرائض ويتم التنسيق مع وزارة العدل للتونسيين لإيجاد فرص عمل للمتخرج في المحاكم التونسية. كما أن الجامعة تمنح المتخرج شهادة الماجستير، وتعينه في كيفية إحداث وتكوين مؤسسة يستطيع كسب قوت رزقه منها، وهذا نظام جديد تتبعه وتطبقه الجامعة على كل المنخرطين في الدراسة بها.
