أصدر يوم الإربعاء 28 أوت 2013، المرصد التونسي لاستقلال القضاء، بيانا، انتقد فيه قرار تصنيف أنصار الشريعة كتنظيم إرهابيّ. وذكر المرصد أنّ اتهام التنظيم باقتراف جريمتي اغتيال الفقيدين شكري بلعيد ومحمد البراهمي يؤشر على تطور متدرج في تعاطي الحكومة مع الملف القضائي الذي انتهى إلى استباق التحقيق والحلول محلّ القاضي المتعهد بكل ملف حتى قبل صياغة تقريره الخاص بختم الأبحاث في القضيتين وهو ما يمثل دون شك تجاوزا للسلطات المقررة نظريا للقضاء وخرقا لسرية التحقيقات. مضيفا أنّ رئيس الحكومة قد نزع عن تنظيم أنصار الشريعة شرعية الوجود القانوني متهما إياها بممارسة أنشطة إرهابية واقتراف مجموعة من الجرائم لازالت الأبحاث بشأنها وفي أغلبها جارية لدى الهيئات القضائية أو المصالح الأمنية والعسكرية. وأشار المرصد في بيانه، إلى أنّه يترتب عن هذه المعطيات أنّ قرار الحكومة أو رئيسها هو قرار إداري وقتي ذو طبيعة سياسية المقصود منه حسب ما يظهر هو الحيلولة دون تطور الأنشطة الإرهابية على فرض ثبوتها وممارسة ضغط على المنظمة المقصودة. كما لاحظ أنّ القرار المتخذ ستكون له تأثيرات محسوسة على عدد من الحقوق الأساسية كحق الاجتماع وحق التنقل والملكية مع احتمالات التجاوز والخلط بين الممارسات الدينية وأعمال العنف..