يتمّ تسجيل الطلبة بالمعهد العالي للبيوتكنولوجيا بالمنستير وجوبا وحصريا عبر الموقع الموحّد www.inscription.tn ويتمّ التسجيل الاستثنائي للطلبة من 12 سبتمبر 2012 إلى 22 سبتمبر 2012. ويكون تسجيل الطلبة الذين تمت نقلتهم أو إعادة توجيههم سواء من طرف الجامعات أو من طرف الإدارة العامة للشؤون الطالبية في أجل أقصاه يوم 12 سبتمبر 2012. ويتعيّن على الطلبة المرخّص لهم بالتسجيل بالماجستير القيام بعملية التسجيل عبر الموقع في أجل أقصاه يوم 12 سبتمبر 2012. وقد حدّد مبلغ القسط الأوّل من معلوم التسجيل بالنسبة لماجستير البحث ب73 دينارا والقسط الثاني ب65 دينارا. وحُدّد مبلغ القسط الأوّل من معلوم التسجيل بالنسبة للماجستير المهني ب108 دينار والقسط الثاني ب100 دينار. ويمكن للطالب دفع معاليم التسجيل للقسطين الأوّل والثّاني معا ويكون معلوم التسجيل المطلوب في هذه الحالة مجموع معلومي القسط الأوّل والثاني. ويكون استكمال وثائق التسجيل بالمعهد بداية من يوم الاربعاء 12 سبتمبر 2012 الى غاية يوم السبت 15 سبتمبر 2012. وتتمثل الوثائق المطلوبة بالنسبة للطلبة الجدد في وصل دفع معاليم التسجيل و4 صور شمسية ونسخة من بطاقة التعريف الوطنية ونسخة من كشف أعداد الباكالوريا والدفتر الصحّي وتتمثل بالنسبة للطلبة القدامى المنتمين إلى المعهد في وصل دفع معاليم التسجيل و4 صور شمسية مع نسخة من بطاقة التعريف الوطنية أما بالنسبة للطلبة القدامى القادمين من مؤسسة أخرى فتتمثل الوثائق الخاصة بهم في وصل دفع معاليم التسجيل و4 صور شمسية وشهادة مغادرة ونسخ من كشوف الأعداد للسنوات السابقة مشهود بمطابقتها للأصل والدفتر الصحّي.