ندد كاتب عام الجمعيّة الخلدونيّة فتحي القاسمي في الندوة الصحفية التي عقدها مساء الجمعة 4 جانفي 2013 بما قال إنّها "اعتداءات وعملية استيلاء على الجمعية الخلدونية من طرف الشيخ حسين العبيدي يوم الأربعاء الفارط"، معتبرا أنّ ما حدث إهانة للفكر التونسي وللمعرفة في بلاد الثورة، خاصة بتوظيف العنف اللفظي والجسدي ضده هو شخصيا والشاهدتين على عملية اقتحام. وطالب القاسمي السلطات المعنية بالتدخل الفوري وتطبيق الإجراءات اللازمة لمحاسبة من تمرد على جمعية تحت ملك الدولة. وأضاف القاسمي أنه تقدم بشكوى إلى مركز القصبة وقام بالإجراءات اللازمة جراء ما تعرض له من عنف واتهامه بسرقة الجمعية، واصفا العملية بالمنظمة ومرتبطة بتغيير الشيخ لعبيدي لأقفال أبواب الخلدونية وتصريحه بأنها ملك لجامع الزيتونة. وبشأن اتهامه بسرقة كتب الخلدونية قال القاسمي إن له وثائق تثبت قيامه بمراسلات إلى مندوب التربية بتونس 1 باسترجاع مكتبة معهد ابن شرف إلى المعهد العالي للعلوم الانسانية التي تم نقلها سابقا إلى معهد قرطاج الرئاسة وتم نقل هذه الكتب إلى الجمعية الخلدونية فيما بعد. وأكد القاسمي أن هذه الكتب بعد تصفحها جميعها كانت مختومة بختمين لا وجود لغيرهما وهما "وزارة المعارف: مكتبة ابن شرف الحي الزيتوني" و"وزارة التربية القومية" ولا وجود لختم مشيخة الزيتونة. من جهتها أصدرت مشيخة جامع الزيتونة بيانا توضيحيا أكّدت فيه أنّ ما تمّ ترويجه إشاعات وأكاذيب وأنّها حملة المسعورة تقودها الحملة "العلمانية وأزلام النظام البائد" لمحاولة تعطيل التعليم الزيتوني والحيلولة دون استئناف نشاطه العلمي من جديد، على حد تعبيرها. واعتبرت مشيخة الجامع أن مبنى الخلدونية "يشكل عقارا تابعا لجامع الزيتونة المعمور وفرعا من فروعه التعليمية". وأكدت مشيخة الزيتونة أن بقاء الخلدونية على ملك الدولة هو "استمرار على نهج المغالطات وتمسك بالمظلمة على جامع الزيتونة المعمور وأن الخلدونية تم إسنادها ظلما وتعسفا لفائدة الدولة مع جملة المغالطات التي خطط لها سابقا". ودعت مشيخة الزيتونة السلطة إلى الحفاظ على ممتلكات الجامع باعتبارها مسؤولية مشتركة بين الطرفين، وفق تقدير البيان ذاته.
