Après la polémique sur le salaire de Meherzia Labidi, première vice-présidente de l'Assemblée nationale constituante, c'est au tour de Mustapha Ben Jaafar dont le montant du salaire n'a pas encore été officiellement déclaré de susciter les interrogations. Alors que le salaire du vice-président de l'Assemblée a été publié dans le numéro du 21 juillet du journal officiel de la république tunisienne, le salaire de Mustapha Ben Jaafar reste variable selon plusieurs sources : Le journal “Le Maghreb”, affirme dans son édition du mardi 14 août 2012 que Ben Jaafar touche officiellement 14000 dinars mensuellement , salaire ordinaire des présidents de la Chambre des députés. Ce qui justifie, selon la même source, sa non déclaration dans le JORT. D' autre part, dans une interview accordée à la Chaine de télévision nationale tunisienne, Mustapha Ben Jaafar a affirmé que le montant de son salaire ne dépasse pas les 5000 dinars. Une question se pose alors: quel est le véritable salaire de Mustapha Ben Jaafar sachant que le salaire du président de l'ANC ne peut pas être inférieur aux salaires des vices-présidents de l'Assemblée ?