انتخب المرزوقي عضوا للمجلس الوطني التأسيسي في انتخابات 26 اكتوبر 2011 عن دائرة نابل 2 ، قبل ان ترشحه الترويكا الحاكمة (حركة النهضة وحزب المؤتمر من اجل الجمهورية وحزب التكتل الديمقراطي من اجل العمل والحريات) لمنصب رئيس الجمهورية وينتخبه المجلس الوطني التأسيسي في 12 ديسمبر 2011 رئيسا مؤقتا للجمهورية للفترة الانتقالية. ومحمد المنصف المرزوقي متزوج وأب لبنتين.