من مواليد عام 1951 في محافظة الشرقية . تخرج محمد مرسي من هندسة القاهرة عام 1972 وبعد سنتين حصل على الماجستير من جامعة القاهرة وحصل على الدكتوراه من جامعة ساوث كاليفورنيا
بدأ محمد مرسي حياته الوظيفية من درجة معيد ثم استاذ مساعد فى جامعة كاليفورنيا ويشغل حاليا رئاسة قسم في كلية الهندسة جامعة الزقازيق. اختير عضوًا بلجنة مقاومة الصهيونية بمحافظة الشرقية، كما اختير عضوًا بالمؤتمر الدولي للأحزاب والقوى السياسية والنقابات المهنية، وهوعضو مؤسس باللجنة المصرية لمقاومة المشروع الصهيوني.
انتخب عام 2000 عضوا بمجلس الشعب المصري عن جماعة الإخوان وشغل موقع المتحدث الرسمي باسم الكتلة البرلمانية للإخوان. انتخبه مجلس شورى الأخوان في 30 أفريل 2011 رئيسا لحزب الحرية والعدالة الذي أنشأته الجماعة بجانب انتخاب عصام العريان نائبا له ومحمد سعد الكتاتني أمينًا عامًّا للحزب. وبعد أن دفع حزب الحرية والعدالة بالاتفاق مع جماعة الإخوان المسلمين بخيرت الشاطر مرشحًا لانتخابات الرئاسة المصرية عام 2012، قرر الحزب الدفع بمرسي مرشحًا احتياطيًّا للشاطر كإجراء احترازي خوفًا من احتمال وجود معوقات قانونية تمنع ترشح الشاطر، وهو ماحدث بالفعل وصدقت توقعات الاخوان وتم استبعاد الشاطر مع أبي اسماعيل وسليمان ضمن 10 مستبعدين.
اعتقل عدة مرات وبقي في واحدة منها سبعة أشهر حيث اعتقل صباح يوم 18 ماي 2006 من أمام محكمة شمال القاهرة ومجمع محاكم الجلاء بوسط القاهرة، أثناء مشاركته في مظاهرات شعبية تندِّد بتحويل اثنين من القضاة إلى لجنة الصلاحية وهما المستشاران محمود مكي وهشام البسطاويسي بسبب موقفهما من تزوير انتخابات مجلس الشعب 2005 وافرج عنه يوم 10 ديسمبر 2006
كما اعتقل صباح يوم جمعة الغضب 28 جانفي 2011 اثناء ثورة 25 جانفي ضمن عدد كبير من قيادات الإخوان على مستوى المحافظات لمنعهم من المشاركة في جمعة الغضب.