يقلل ختان الرجال من فرص الإصابة بمرض فقدان المناعة (الإيدز)وتؤيد الأممالمتحدة الآن ذلك بشكل رسمي بحيث ترى أنه يجب تسهيل ختان الرجال في البلدان الإفريقية. تعتقد منظمة الصحة العالمية ومنظمةUNAIDS للأمم المتحدة أن ختان الرجال خطوة مهمة إلى الأمام لمحاربة الإيدز. يوافق هذا الرأي أيضا يوب لانغ، خبير في الإيدز من المركز الصحي في أمستردام. يقول لانغ: " هناك نقص في الوقاية من الإيدز. هناك سنويا أربعة مليون إصابة جديدة. نعرف أن للكوندوم (الواقي المطاطي) فعالية، لكن غالبا ما لا يستعمل أو غير متوفر. يجب العمل على تطبيق كل التقنيات التي بإمكانها التقليل من إصابات الإيدز. وختان الرجال يخفف من خطر انتقال الإصابة من المرأة إلى الرجل بنسبة 50 إلى 60 في المائة، وهذه نسبة عالية." يعيش 25 مليون شخص مصاب بالإيدز في إفريقيا من بين 40 مليون شخص مصاب بالمرض في العالم. تنتشر عدوى المرض في تلك القارة عن طريق الاتصال الجنسي بين المرأة والرجل وتتوقع منظمة الصحة وUNAIDS أن ختان الرجال الأفارقة سيحد من الإصابات بمرض الإيدز في العشرين سنة القادمة بنسبة 6 ملايين إصابة. يقول لانغ: "الختان يجنب انتقال الإصابة إلى الغلفة التي تصيبها الجروح بسرعة." ويضيف "وهذا له علاقة بعدم تراكم القذارة في الجلدة التي ستسبب المرض." لا يوجد هناك دليل على أن النساء لديهن حظ أقل للتعرض للإصابة في حالة ممارستهن للجنس مع رجل مختون لكن الدراسات لا تزال مستمرة حول ذلك. "هناك دراسة موجزة تبين أن نسبة انتقال الإيدز من الرجال إلى النساء ستكون أقل أيضاً، لكن تأثير ذلك سيكون محدوداً قياساً باحتمالات انتقال الإصابة إلى الرجال. نحن في حاجة ماسة إلى التقنيات التي يمكن للنساء استعمالها والتي يجهلها الرجال." هناك خطر من استغلال الرجال للختان كذريعة لعدم استعمال الكوندوم. خصوصا في البلدان الإفريقية حيث يكثر الاغتصاب. "التوعية مهمة جدا. إذا لم يستعمل الكوندوم من قبل الرجال المختونين، فستكون النتيجة معاكسة، لأن الختان لا يوفر وقاية كاملة. وإذا تعامل الرجال بشكل غير سليم فتزداد خطر الإصابات بالإيدز. ومن الأهمية بمكان ربط العلاقة بين الختان وعملية التوعية بشكل جيد حول استعمال الكوندوم." تؤكد الأممالمتحدة أيضا على الربط بين نجاح الختان ونشر الثقافة الجنسية بشكل عام لمحاربة الايدز. يشكل الرجال المختونون حالياً حوالي 30 % من الرجال في العالم. ويحدث هذا بالدرجة الأولى لأسباب دينية بالنسبة لليهود والمسلمين ولأسباب وقائية في بعض الحالات الأخرى. وحسب الأممالمتحدة فيجب على الدول بنفسها أن تحسم كيفية تسهيل عملية الختان. وقد تصل تكاليف العملية بين 50 و 100 دولار للشخص الواحد. وتقترح الأممالمتحدة أن تكون العملية مجانا.