عبّرت هيئة الدفاع عن المتهمين في قضايا شهداء الثورة وجرحاها في بيان لها اليوم الاثنين 21 أفريل 2014 عن إستنكارها الشديد للتدخل الصارخ والعلني لمؤسسة لرئاسة الجمهورية في سير القضاء موضحة أن الأحكام القضائية تصدر باسم الشعب وذلك على اثر ردود الأفعال حول الأحكام القضائية الصادرة بتاريخ 12 أفريل 2014 عن محكمة الاستئناف العسكرية والمتعلقة بالأحداث التي شهدتها تونس بين شهري ديسمبر 2010 وجانفي 2011 . كما ذكرت هيئة الدفاع رئاسة الجمهورية المؤقتة بأحكام الفصل 109 من الدستور الذي حجر كل تدخل في سير القضاء وبالمبادئ الواردة بتوطئة الدستور والتي تكرس مبدأ الفصل بين السلط وتلزم الدولة بضمان علوية القانون واحترام الحريات واستقلالية القضاء وفق نص بيان . وندّدت بما ورد في بلاغ دائرة الإعلام والتواصل برئاسة الجمهورية اثر استقبال رئيس الجمهورية لوزير الدفاع الوطني من توصيات لهذا الأخير بالحرص على الطعن في الأحكام أمام محكمة التعقيب والعمل على البت فيها في أجل معقول. واعتبرت هيئة الدفاع عن المتهمين في هذه القضايا أن صلاحية اتخاذ قرار الطعن بالتعقيب في حكم قضائي من عدمه ترجع إلى قاض مستقل لا سلطان عليه لغير القانون ولا تدخل في إطار صلاحيات رئاسة الجمهورية. كما اعتبرت أن تكليف وزير الدفاع بالعمل على التسريع في الإجراءات لدى محكمة التعقيب هو أمر خطير يهدف إلى بسط سلطان المؤسسة العسكرية على محكمة التعقيب أو في أحسن الحالات يعبر عن جهل لصلاحيات كل من وزيرى العدل والدفاع حسب البيان ذاته . و ذكّرت هيئة الدفاع المجلس الوطني التأسيسي بكونه من اختار تكليف القضاء العسكري بقضايا الشهداء والجرحى منذ حوالي شهرين فقط ضمن أحكام الفصل 149 من الدستور الذي ورد فيه ما يلي:" تواصل المحاكم العسكرية ممارسة الصلاحيات الموكولة لها بالقوانين سارية المفعول ". واعتبرت أيضا أن التخطيط لأحداث محاكم استثنائية أو دوائر لدى محاكم تختص بقضايا معينة تكريس لدولة الاستبداد ملاحظة أن مشروع القانون عدد 44 لسنة 2012 المتعلق بإنشاء محاكم استثنائية هو مشروع عبثي تم الاستغناء عنه في السابق لخلفيته المشبوهة علاوة عن كونه غير دستورى ويخالف جميع المواثيق الدولية . و أوضح نفس المصدر أنّ أحكام الفصل 110 من الدستور ورد فيها حرفيا منع إحداث محاكم إستثنائية. كما ذكرت المجلس بما ورد في أحكام الفصل 148 من الدستور الذي اقتضى ما يلي:" بداية من دخول الدستور حيز التنفيذ لا يقبل أي مقترح قانون يقدم إلى النواب إلا إذا كان متعلقا بالقانون الانتخابي أو بمنظومة العدالة الانتقالية أو بالهيئات المنبثقة عن القوانين التي صادق عليها المجلس وفق ما ورد بالبيان . و حذّرت هيئة الدفاع عن المتهمين من اتخاذ أي إجراء تعسفي تحت أي غطاء كان ضدّ من شملتهم الأحكام القضائية مشيرة إلى أنّ الضغط السياسي المسلط على محكمة التعقيب من رئاسة الجمهورية ومن المجلس الوطني التأسيسي قد أفرغ الإجراءات من فحواها محمّلة الجميع مسؤولية توفير شروط المحاكمة العادلة وفق المعايير الدولية في الطور التعقيبي وغيره من الأطوار بمنأى عن محاولات التأثير السياسي والشعبوى .