رفض تنظيم ما يسمى ب«القاعدة في بلاد المغرب الإسلامي» – التنظيم الذي يدين بالولاء لقاعدة بن لادن والظواهري - دولة الخلافة التي أعلنها تنظيم «الدولة الإسلامية في العراق والشام» (داعش) ونصّب عليها أبو بكر البغدادي خليفة للمسلمين , وأكدت مبايعتها لزعيم تنظيم القاعدة أيمن الظواهري. وكان تنظيم الدولة الإسلامية في العراق والشام « أعلن الشهر الماضي قيام خلافة على أراض استولى عليها في الحرب الأهلية السورية وخلال تقدم سريع في أجزاء من العراق. وفي تحد مباشر ل«قاعدة بن لادن والظواهري» ,أصبح زعيم تنظيم الدولة الإسلامية يحمل لقب الخليفة ووجه رسالة يدعو فيها المسلمين في كل مكان إلى الانضمام للجهاد. وتبرأ تنظيم القاعدة من تنظيم الدولة الإسلامية في العراق والشام. وقالت مجموعة «سايت» المتخصصة في متابعة مواقع الإسلاميين المتشددين على الإنترنات إن تنظيم القاعدة ببلاد المغرب الإسلامي انتقد تنظيم البغدادي لأنه لم يتشاور مع القيادات الجهادية. وجاء في بيان أصدره التنظيم ونشرته مواقع جهادية : «نؤكد أننا لا زلنا على بيعتنا لشيخنا وأميرنا أيمن الظواهري فهي بيعة شرعية ثبتت في أعناقنا ولم نر ما يوجب علينا نقضها وهي بيعة على الجهاد من أجل تحرير بلاد المسلمين وتحكيم الشريعة الإسلامية فيها واسترجاع الخلافة الراشدة على منهاج النبوة» وفق نص البيان.