تعاني واحة قابس من ظاهرة البناء الفوضوي الناتجة عن الانفلات الامني الذي عاشته الجهة خلال الاشهر الفارطة من الثورة و عدم مباشرة اعوان التراتيب لعملهم مما ادى الى تضررالمسلك السياحي الرابط بين قابس وشنني نتيجة لاكتساح حضائرالبناء لجانبي الطريق وهو ما انعكس سلبا على جمالية هذه المنطقة. كما تفاقمت ظاهرة البناء في المستغلات الفلاحية مهددة بذلك انواع عدة من النخيل الذي يستوجب نموها عدة سنوات و التي تمثل ثروة فلاحية كبرى يرتكز عليها تصدير التمور اضافة الي طابعها الجمالي الذي يساهم في دعم السياحة الصحراوية وخاصة المدخل الشمالي الرابط بين مفترق الحامةوقابس الذي يعد من اجمل المناطق. وتعتبر ظاهرة انتاج وبيع خمر "اللاقمي" من اخطر المشاكل التي تهدد النخيل التونسي باعتبار ان هذا المنتوج يقع استخراجه من النخيل بعد قطعه بطريقة غير قانونية و دون مراعاة للقيمة الفلاحية لبعض النوعيات المهددة بالانقراض بغاية تحقيق الارباح المالية خاصة انه يشهد اقبالا على استهلاكه. ويعتبر المهتمون بالشان البيئي بولاية قابس انه من الضروري انجاز برنامج تدخل متكامل لحماية الواحة والتصدي بكل قوة للممارسات غير القانونية المضرة ومعالجة مشكل اهمال المستغلات الفلاحية وادراج هذه الواحة ضمن التراث العالمى.