La mise en examen, le 3 août 2015, des anciens hauts cadres du ministère de l'Intérieur, Wahid Toujani et Mustapha Ben Amor, a constitué un tournant dans l'enquête sur l'assassinat du député Mohamed Brahmi. La teneur des déclarations a été relayée par le journal Akherkhabaronline. L'émergence de certains éléments et les dépositions contradictoires des accusés devant le juge d'instruction, dont l'interrogatoire a été axé sur leur manière d'avoir géré le document des renseignements et le fait qu'ils n'aient pris aucune mesure opérationnelle ou préventive pour empêcher l'assassinat de Brahmi, ont donné une autre voie à l'avancement de l'enquête. Le juge d'instruction a souligné que les accusés n'ont, à aucun moment, averti la famille de la victime, de potentielles menaces. Les forces de sécurité avaient pourtant perquisitionné une maison louée par l'extrémiste Aboubakr El Hakim à El Ghazela quelques jours avant le drame, et après avoir reçu le document des renseignements. Ils y ont saisi des armes et des munitions mais n'ont pas pris les mesures nécessaires pour protéger Mohamed Brahmi alors que Chokri Belaïd venait d'être assassiné, quelques mois plus tôt. Le juge a confronté les accusés à leurs déclarations contradictoires devant la gestion et la prise en charge du document des renseignements qui leur a été envoyé par l'ambassade américaine et qui comporte la signature de Wahid Toujani, alors directeur général de la Sûreté nationale. Ce à quoi, Wahid Toujani a répondu qu'il a effectivement reçu la correspondance et qu'il l'a transmise au directeur général de la sûreté publique afin qu'il prenne les dispositions nécessaires, soulignant qu'il a aussi averti les postes de la garde nationale de Tunis et du Bardo, lieu de travail du défunt. Ses déclarations n'ont, toutefois, pas convaincu le juge, qui a estimé qu'il y a eu un manque de sérieux flagrant de la part de Wahid Toujani précisant qu'il n'a pas pris en compte les évènements survenus à l'Ariana, dans les environs du lieu de résidence de Mohamed Brahmi, et n'a pas averti les unités de la Garde sur place, se contentant du lieu de son travail. Le juge d'instruction a, par ailleurs, confronté Wahid Toujani au témoignage de l'ex ministre de l'Intérieur, Lofti Ben Jedou, qui a affirmé qu'il n'a été mis au courant, que 5 jours après l'assassinat, par le directeur général de la Sûreté nationale, qu'un document des renseignements, envoyé par le bureau de la sécurité de l'ambassade des Etats-Unis à Tunis, est parvenu à la direction de la sûreté extérieure le 12 juillet 2013. Un document, contenant des informations sur une éventuelle menace qui vise directement Mohamed Brahmi, sans pour autant préciser le lieu et le moment. Ce à quoi Wahid Toujani a rétorqué qu'il avait oublié d'avertir le ministre avant qu'il ne tienne une conférence de presse durant laquelle Lofti Ben Jedou avait affirmé que le ministère ne disposait d'aucune donnée concernant l'affaire. Le directeur général de la sûreté extérieure a, pour sa part, précisé que son administration reçoit plusieurs avis et annonces de la part des bureaux de sécurité de différentes ambassades étrangères à Tunis, dont la correspondance de l'ambassade des Etats-Unis relative aux menaces de mort qui visent Mohamed Brahmi. Il a affirmé que l'information a été transmise au directeur général de la Sûreté nationale ainsi qu'aux services d'investigation spécialisés qui sont : la direction générale de la sûreté publique, la direction des renseignements et la direction centrale de lutte contre le terrorisme. L'ancien directeur de la sûreté publique, Mustapha Ben Amor a nié les faits qui lui ont été reprochés. Il a affirmé qu'il n'était pas responsable de la mort de Mohamed Brahmi et qu'il a appliqué les consignes en prenant en charge la protection du député aux sièges de l'Assemblée nationale constituante et de son parti. A la lumière des informations recueillies lors de l'interrogatoire de Wahid Toujani et de Mustapha Ben Amor, plusieurs cadres sécuritaires du ministère de l'Intérieur, seront convoqués pour être entendus dans l'affaire de l'assassinat de Mohamed Brahmi.
