أحدث إستثناء المسافرين الليبيين من إجراءات الحجر الصحي الاجباري جدلا واسعا حيث انتقد العديد ما اعتبروه عدم تطبيق للقانون لا سيّما وأن الحجر الاجباري يشمل المسافرين التونسيين أيضا. وذلك على إثر تدوينة الأجنحة الليبية التي جاء فيها "سيتم استثناء المسافرين الليبيين من اجراءات الحجر الإجباري في تونس وسيتطلب منهم تقديم تحليل PCRسلبي والاكتفاء بالحجر الذاتي". يذكر أن وزارة الصحة كانت قد أعلنت يوم 25 جانفي 2021 في بلاغ رسمي لها عن إجراءات جديدة تخص الوافدين على تونس، إذ يتعين على جميع الوافدين مهما كانت مدة إقامتهم، الالتزام بإجبارية القيام بتحليلpcr والاستظهار بما يفيد سلبيته، والتزام الوافدين بالحجر الصحي الإجباري لمدة 7 أيام في أحد المراكز المعدة للغرض، على نفقتهم، والاستظهار عند التسجيل للسفر بوثيقة الحجر وتأكيد الخلاص.