يعتمد تنظيم "داعش" على هيكل تنظيمي، يتم من خلاله توزيع المهام على قادة التنظيم في المناطق التي يسيطر عليها في العراقوسوريا. ووفقاً للهيكل التنظيمي هناك نائبان الأول مسؤول عن العراق والثاني مسؤول عن سوريا. ويأتي على رأس الهيكل التنظيمي زعيم التنظيم أبوبكر البغدادي واسمه الحقيقي إبراهيم عواد البدري. وللبغدادي نائبان الأول العميد المتقاعد فاضل الحيالي، مسؤولاً عن العراق، وعلي أسود مسؤولاً عن سوريا. وهناك مجلس شورى التنظيم يتبع للبغدادي وترأسه شخصية كنيتها حجي إيمان. أما في بقية المهام الإدارية داخل "داعش"، فهناك شخصيات عدة تتواصل مع البغدادي مباشرة وهي قيادات تم تعينها في الغالب من قبل البغدادي مباشرة وهو من يملك عزلها.