تشرع كلية العلوم بقابس مع بداية سنة 2010 في تنفيذ مخطط تطويري للأنظمة التكوينية يرتكز على عدد من المحاور المتعلقة بالتكوين الأكاديمي والحياة الطلابية والبحث العلمي والتعاون الدولي والتفتح على المحيط. ويشتمل المخطط الذي يتواصل انجازه إلى سنة 2013 على برنامج لتعزيز الأنشطة الثقافية والرياضية والفكرية برحاب الكلية إلى جانب تصور لدعم جهود رقمنة الكتب والمراجع والدروس وتوثيقها فضلا عن اقتناء مجموعة هامة من الحواسيب.. ويهدف المخطط إلى حث الأساتذة الجامعيين على تقديم دروسهم على محامل رقمية ودعوتهم لاستغلال التقنيات الاتصالية الحديثة التي تدعم التوجهات الوطنية الرامية لإتاحة الفرصة للجميع للتعلم عن بعد. كما ترتكز خطة تطوير أساليب التكوين بكلية العلوم بقابس على تأهيل قاعات التدريس بما يجعلها مواكبة لمتطلبات التكوين الحديث وإحداث وحدة لمتابعة التربصات وإدماج الخريجين والعمل على بعث إجازات تطبيقية وإجازات ذات بناء مشترك وماجستير مهني فضلا عن مزيد استقطاب المهنيين للمشاركة في التكوين بالكلية. وينضوي 77 بالمائة من الطلبة المسجلين هذه السنة 2009-2010 بكلية العلوم بقابس تحت نظام الإجازة فيما تبلغ نسبة الطلبة المرسمين في نظام الأستاذية 17 بالمائة ونسبة المسجلين في الماجستير 2 بالمائة ويمثل طلبة المرحلة التحضيرية 4 بالمائة. وتتمثل الشعب التي يتم تدريسها بكلية العلوم بقابس في الكيمياء وعلوم الحياة وعلوم الأرض والإعلامية والفيزياء والرياضيات.