اتهمت حركة الجهاد الإسلامي العقيد الليبي معمر القذافي ونظامه بتسهيل عملية اغتيال مؤسسها وأمينها العام السابق الدكتور فتحي الشقاقي، في جزيرة مالطا قبل أكثر من 15 عاما على يد جهاز الاستخبارات الإسرائيلي «الموساد». وكان الموساد أقدم عام 1995، على اغتيال الشقاقي في جزيرة مالطا، وذلك خلال عودته من الجماهيرية الليبية، بعد تدخله لدى القيادة الليبية لإعادة الآلاف من الفلسطينيين المقيمين في ليبيا والذين طردهم القذافي على الحدود الليبية المصرية، حيث كان الشقاقي يحمل جواز سفر ليبي باسم إبراهيم الشاويش . وقال مسؤول في حركة «الجهاد الإسلامي»: «لقد كانت زيارة الدكتور فتحي الشقاقي إلى ليبيا زيارة سرية جدا، ولم يكن أحد يعرف بهذه الزيارة إلا دائرة ضيقة جدا من المحيطين بالعقيد معمر القذافي، حيث كان يتبع أساليب محكمة في التخفي والتمويه». وكشف أن الشقاقي كان متابَعا ومرصودا منذ أن وصل إلى ليبيا قبل أيام من اغتياله، وحتى مغادرتها، وأنه وعلى الرغم من سرية الزيارة، وحيازة الشقاقي لجواز سفر باسم إبراهيم الشاويش، إلا أن الموساد تمكن من الوصول إليه، وتصفيته في جزيرة مالطا، وذلك بعد حصوله على معلومات مؤكدة عن الشقاقي .