إن أكبر خطر يتهدد المساجد في تونس هو محاولة البعض اخراج جامع الزيتونة المعمور من رقابة الدولة والتنظيم المعمول به وفق التراتيب القانونية الجاري بها العمل وفتح المجال أمام عقلية المشيخة والإمام الأعظم لجامع الزيتونة وفروعه التي يفكر بها الشيخ حسين العبيدي مبتدعا بذلك الاستقلالية الكاملة للجامع عن الدولة وهذا ما لم يكن في تاريخ الزيتونة منذ قرون حيث كان يشرف الباي مباشرة على الجامع من خلال الهيئة العلمية وكانت الاصلاحات في التدريس والنظام التعليمي وفق مقترحات يتقدم بها علماء الزيتونة للوزير الاكبر الذي يناقشها مع الباي ثم يصدر في ذلك «أمرا عليا» ينفذ في الابان وكان الإمام ابن عاشور وعلماء «النيافرة» والشيخ بالقاضي والإمام ابن عرف يعملون بهذا وفق تصور فقهي سني لم لم يكن يوما خارجا عما يسمى في الفكر الاسلامي «طاعة أولياء الأمور» لأن الفكر السياسي في الاسلام مبني على هذه القاعدة والنظرية منذ كتب الماوردي كتاب «الأحكام السلطانية» وابن خلدون «المقدمة» خاصة وأن جامع الزيتونة ينتمي لهذه المنظومة الفكرية التي لا تشرع الاستفراد بالمساجد والخروج بها عن مؤسسات الدولة ونظامها العام المتعارف منذ الزمن الاول لنشأة الدولة في الحضارة الاسلامية... أما ما جاء به الشيخ العبيدي إذا ما وضعناه في سياقه التاريخي والفقهي فهو بدعة لم يسبقه فيها أحد من كبار علماء الزيتونة إذ كان الاصلاح داخل مؤسسة الجامع يتم وفق نضالات نقابية وجمعياتية حتى في زمن الاستعمار ويتجلى ذلك خاصة في تأسيس «جمعية العلماء» سنة 1933 والتي وقع حلها بقرار من الوزير الاكبر وبتنفيذ من الامام ابن عاشور رئيس هيئة كبار العلماء تحت ضغط الاستعمار الذي كان يمنع أي نشاط نقابي للتونسيين في فترة الثلاثينات. والاغرب من ذلك ان العلماء المؤسسين لجمعية العلماء من مدرسين من الطبقة الاولى طبقوا القرار وصدر بلاغ في نفس مجلة الزهراء التي صدر فيها الاعلام بالتأسيس ودخلوا بعد ذلك في اشكال اخرى من النضالات النقابية داخل الزيتونة لتطويره والوقوف ضد مشاريع التجنيس والفرنسة وتهميش الطلبة والمدرسين ولم ينادي أحد بالاستقلالية الكاملة عن الدولة أو سلطة الباي الخاضعة للاستعمار الأجنبي.
إن خطورة أن يتحول جامع الزيتونة الى بؤرة صراع على تسيير الجامع بين الدولة و«المشيخة» يتجاوز حدود عزل إمام وتعيين آخر باعتبار الدلالة الرمزية للزيتونة التي لن تجعل الموضوع يقف عند حدود منبر ومحراب الجامع الأعظم إذ ذلك سيسهم في انفلات العقد من أيدي الجميع دولة وأئمة خطباء ومجتمع مدني وجمعيات ومشيخة باسم الاستقلالية المسجدية والدينية التي تعاني أصلا من انفلات مرجعي وخطاب حماسوي سقط احيانا كثيرة في الارتجال المولد للعنف والتكفير والفتاوى المسقطة التي لا تراعي البيئة الاجتماعية وفقه الواقع من امثال اباحة ختان البنات في بعض المساجد والزواج العرفي وتكفير الفنانين ورمي الدولة بالطاغوت وتكفير مؤسساتها.
ما يمكن الاشارة اليه كذلك في جانب آخر وله اهمية بالغة متعلق بالكيفية التي سيكون عليها التعليم الزيتوني ومناهجه وأهدافه التي يجب ان تتواءم مع النظام التعليمي الاكاديمي المواكب لحركة تطور المجتمع التونسي بناء على تجذره في بيئته العربية الاسلامية المنفتحة على الفكر الانساني والمبادئ الكونية، وإن ما يشهده جامع الزيتونة اليوم من تجاذبات يعطي مؤشرات غير ايجابية عن مدى جاهزية الاطارات المشرفة على الهيئة العلمية حتى تقوم باحياء مناهج اصلاح التعليم الديني التي ناضل لأجلها عدد كبير من المجددين من امثال الطاهر والفاضل بن عاشور ومحمد صالح النيفر ومن قبلهم خير الدين وما رفضهم للدكتور محمد بوزغيبة أستاذ الفقه الاسلامي بجامعة الزيتونة الذي يشهد له بالكفاءة والانفتاح والتجدد الا زرعا للخوف في النفوس من أن يكون ذلك راجع الى جدار صد وضعه الشيخ العبيدي في وجه تجديد الخطب الجمعية والخطاب الديني بصفة عامة الذي ما زال يعاني من الانزلاقات الراجعة بالأساس الى فقدانه لبوصلة فكرية ومنهجية واضحة امام المتغيرات ومقتضيات العصر الذي قد يولد لدى بعض المدرسين حساسية مفرطة تجاه الجامعة والاكاديميين باسم التعليم الزيتوني الأصل ظاهرا لكن الباطن قد يكون محاولات للاستحواذ على الجامع الاعظم وجعل عقد المساجد ينفلت تحت عديد المسميات والمبررات غير المقبولة.