كان مالا يقل عن 60 صحافيا من مختلف أنحاء العالم على متن الأسطول. والآن تم ترحيل كل الصحافيين الذين كانوا محتجزين من إسرائيل، ويتحدث الكثيرون منهم عما تعرضوا له. وتكشف وقائع سوء المعاملة خلال الغارة عن أن الصحافيين منعوا من أداء عملهم بأكثر الطرق وحشية. وذكرت الصحافية منى شستر، التي تعمل لوكالة الأنباء الكويتية (كونا)، لمنظمة مراسلون بلا حدود أن أحد المصورين تعرض للضرب بعدما تحدث وانتقد الجنود. وقالت: "كنت أسمع صرخاته"، وأضافت "مصورون وصحافيون تعرضوا لسوء المعاملة لأنهم كانوا يصورون أو يلتقطون صورا للغارة." وقالت إن الصحافيين تم تفتيشهم وهم مكبلوا اليدين وتركوا في الشمس لمدة خمس ساعات. وقال مصور قناة الجزيرة عصام زعتر إنه بينما كان يصور الغارة ضربه جندي إسرائيلي بمسدس الصعق. عانى زعتر من كسر في ذراعه وأصيبت كاميرته بأضرار. ولمرة واحدة خلال الاحتجاز، وفقا لما قاله للجنة حماية الصحفيين، واجه استجوابا "طويلا ومرهقا." أسوأ أعمال عنف ارتكبت في حق الصحافي التركي سيفيديت كيليسار الذي قتل برصاصة في الرأس، والمصور الأندونيسي سورة فراتشيرازياز الذي ضرب بعيار ناري في الصدر وأصيب بجروح خطيرة، وفق الاتحاد الدولي للصحفيين ومراسلون بلا حدود. بول ماكجوف رئيس مراسلي "سيدني مورننغ هيرالد"، قال إن الصحافيين عوملوا ب"عدم احترام مطلق". وقال في مقابلة عبر الهاتف نشرت على موقع الصحيفة على الإنترنت: "مهنتنا تتطلب منا الحصول على قصص، والكشف عن الأشياء التي لن يتم الكشف عنها دون عملنا"، وأضاف: "كما يوضح تعامل إسرائيل المروع مع الأسطول، نحتاج الصحافيين هناك ليكونوا شهودا وليكشفوا ما يحدث هناك." وقال مخرج في قناة الجزيرة إن الجنود الاسرائيليين صادروا الكاميرات والأشرطة، وهواتف تعمل بالأقمار الصناعية والهواتف المحمولة. أصدر الجيش الإسرائيلي أجزاء محررة من تسجيلات الفيديو على قناته على "يوتيوب" في 2 حزيران/ يونيو. وقالت لجنة حماية الصحفيين إن "إسرائيل صادرت مادة صحافية وتلاعبت بها بعد ذلك لخدمة مصالحها". ووصفت جمعية الصحافة الأجنبية في إسرائيل ذلك بأنه "انتهاك خطير للأخلاق الصحافية". ودعا الاتحاد الدولي للصحفيين والاتحاد الوطني للصحافيين الإسرائيليين، فضلا عن غيرها من أعضاء أيفكس السلطات إلى إعادة المعدات التي صودرت.