يتركز وجود الجماعات الإرهابية في سيناء في 3 مناطق هي جنوب الشيخ زويد، ومزارع المطار بالعريش، وشمال وجنوب رفح، فيما بات الظهير الصحراوي لجميع مدن شمال سيناء منطلقا للمسلحين لشن هجماتهم بين الحين والآخر. ويقع التمركز الأول للمسلحين في قرى جنوب الشيخ زويد الحدودية، وهي المقاطعة والجورة والتومة والظهير واللفيتات، حيث يستغل الإرهابيون هذه القرى التي يعرفونها جيدا للاختباء داخلها لفترات زمنية محددة. أما قرى جنوب مدينة رفح فتعتبر الامتداد الصحراوي لجنوب الشيخ زويد، وأهم هذه القرى قرية "المهدية"، وقرية "نجع شبانة" الحدودية التي اكتسبت شهرة في عمليات التهريب عبر الأنفاق إلى قطاع غزة، بالإضافة إلى قريتي أبوشنار والحسينات. جنوبالعريش وفي جنوبالعريش، وتحديدا منطقة مزارع الزيتون، تنقسم المنطقة إلى جزأين: الأول مزارع الزيتون، والثاني الظهير الصحراوي، غير المأهول بالسكان، وهو أحد الطرق التي يسلكها الإرهابيون للدخول إلى مدينة العريش، أو الانتقال إلى غيرها من المدن في شمال سيناء. بئر العبد في الفترة الأخيرة احتلت منطقة بئر العبد أهمية خاصة لدى الجماعات المسلحة، خاصة المنطقة الصحراوية الحدودية المحصورة بين مدينتي بئر العبد والعريش. ويرجع خبراء سبب ظهور العمليات الإرهابية داخل منطقة بئر العبد إلي تضييق قوات الجيش والشرطة الخناق على الجماعات الإرهابية في باقي المناطق. ويأتي حادث الهجوم على مسجد الروضة في بئر العبد، ومقتل أكثر من 300 شخص لتسجل المنطقة أكبر هجوم دموي في تاريخ مصر. الجماعات المسلحة تعتبر ما تعرف بجماعة "أنصار بيت المقدس" التي بايعت داعش عام 2014 وغيرت اسمها إلى "ولاية سيناء"، اللاعب الرئيس بين الجماعات المسلحة في سيناء. وتنشط "ولاية سيناء" في المثلث الجغرافي بين مدن رفح والشيخ زويد والعريش، الواقعة على الحدود مع قطاع غزة وإسرائيل، أقصى الشمال الشرقي بسيناء. لكن ثمة جماعات أخرى تنشط في سيناء، وإن يرى خبراء أنها انضوت معظمها تحت اسم ولاية سيناء مثل: جند الإسلام.. التي تبنت تفجير مبنى المخابرات الحربية في مدينة رفح عام 2013. المرابطون.. التي أعلنت عن نفسها عام 2015.. وتشير تقارير صحفية إلى ارتباطها بتنظيم القاعدة. أكناف بيت المقدس.. كان هدفهم الأساسي استهداف إسرائيل وتفجير خطوط الغاز الممتدة ما بين مصر وإسرائيل، لكن حاليًا لم يعد لهم وجود يذكر. ولا توجد أرقام مؤكدة بشأن أعداد افراد التنظيمات الارهابية في سيناء، لكن خبراء يقدرون أعدادهم ما بين 1000 و2000 عنصر أجنبي ومصري.
