رفعت كل من الهيئة الدولية للدفاع عن الليبيين المضطهدين وجمعية "واعتصموا" للاجئين ، قضية ضدّ الرئيس السابق منصف المرزوقي ورئيس حكومته حمادي الجبالي ، على خلفية تسليم البغدادي المحمودي وايقاف المواطن الليبي ميلاد بوزيتاية اْبراهيم عبدالسلام بومنيار بسجن المرناقية لمدة 3 سنوات دون وجه قانونيّ. وأفاد الاستاذ المحامي محمد بكّار، الاثنين في تصريحات صحفية ليبية ،أن القضية تم رفعها أيضا ضدّ الدولة التونسية للمطالبة بتعويضات مالية قدرها 10 مليارات لجبر الضرر المادي والمعنوي لكل من البغدادي المحمودي و أبو زنتاية. يُشار إلى أنّ حكومة الترويكا كانت قد سلّمت البغدادي المحمودي ،إلى حكومة عبدالرحيم الكيب في 24 جوان 2012 .