أكّد عضو المجلس الأعلى لقيادة الثورة في سورياياسر النجار في تصريح لوكالة "بناء نيوز"، أن "مقتل الشيخ محمد سعيد رمضان البوطي ليس من أفعال الجيش الحرّ وثوار سوريا بل هي فعلة نكراء من طرف شبيحة النظام عملاء إيران وحسن نصر الله الحاقدين على المساجد أصحاب الحسينيات التي تكره السوريين وتريد لهم الشر وتزرع الفتنة بينهم". وقال النجار إنّه "رغم أنّ سيرته (الشيخ البوطي) لم تكن حسنة وكانت سيئة للغاية عند الثوار إلاّ أنهم لا يستهدفون المساجد، وقتله لا ينفعهم بل يصبّ في مصلحة النظام فقط". وتابع النجار قوله إنّ "عناصر النظام لا تقوى على قتل رجل خدم النظام لسنوات طويلة وربما أن يكون هناك عميل مخدوع يريد الزجّ بالبلاد في فتنة أكثر من الوضع الذي هي عليه أو شخص من طرف الشيعة من أتباع حسن نصر الله وإيران الذين يمقتون مساجد السنيين في سوريا". أما بخصوص انشقاق الشيخ محمد سعيد رمضان البوطي عن نظام الأسد أو محاولات ذلك فقال ياسر النجار "التعليقات والأقاويل كثيرة وما نعلمه هو سفر أهله منذ أيام إلى تركيا ويتناقض هذا مع تصريحات ابنه بعد تشييعه". وبشأن حادثة التفجير أكّد النجار أنّه "المعلوم أيضا وجود كاميرات كثيرة في المسجد ويصاحب الشيخ أفراد يحمونه وهذا ما سيوثّق مقتل أو اغتيال الشيخ البوطي وسيظهر الحقيقة فيما بعد". وقد أجمعت كل أطياف المعارضة السورية على نفي مسؤوليتها عن قتل الشيخ محمد سعيد رمضان البوطي، وعلى تحميل دمه للنظام السوري. كما يتناقل الناشطون صورًا للمسجد تعزز شكوكهم في أنّها عملية مفبركة، من صنع مخابرات الأسد والجارة الإيرانية بيدها الخفية من الحرس الثوري الإيراني داخل الأراضي السورية. الفايس بوك يحلّل مسرح التفجيرات وتداولت صورة على مواقع التواصل الاجتماعي، وخصوصًا في الصفحات المؤيدة للثورة السورية، استخدمها الناشطون للخوض في تفاصيل عملية التفجير، والاستنتاج أن ما حصل كان رواية مفبركة من جانب النظام. فعلى الرغم من حديث الوسائل الاعلامية الموالية للأسد عن تفجير مهول قتل 42 شخصًا بينهم البوطي وحفيده، وأصاب 85 آخرين بجروح مختلفة، تظهر الصورة التي بثت عن داخل المسجد بعد الانفجار وكأنّه تعرض لعملية تخريب لا أكثر. فالمكيفات لا تزال في أماكنها، والمراوح والثريات المدلاة من السقف لم تصب بأيّ أضرار، علمًا أن وهج الانفجار كان ليطيّرها من مكانها أو ليسقطها أرضًا، خصوصًا تلك المروحة الكهربائية المثبتة فوق المكيّف الذي فقد غطاءه الخارجي. وكذلك بقي مقعد البوطي في مكانه، وكأنّ الأمر اقتصر على تخريب، والحري بهذا الانفجار أن يدمر واجهة المسجد الداخلية على الأقل، أو أن يترك فيها أضرارًا جسيمة. وتساءل معظم الناشطين السوريين عن مكان جثة البوطي التي لم تظهر في أي شريط مصور، ولم تنشر لها أي صورة. ونقل ناشطون على بعض الصفحات عن مراقبين ميدانيين ظنهم في أن البوطي مقتول قبل الانفجار، وليس هذا سوى مسرحية سيئة الإخراج، تبعها دخول مسلح من جانب الجيش والأمن والشبيحة إلى داخل المسجد بأحذيتهم العسكرية، مفسدين كل أثر قد يفيد التحقيق، أو يدل على الفاعل الحقيقي.