اعتبر المرصد التونسي لاستقلال القضاء أن واقعة الاغتيال السياسي للشهيد محمد البراهمي تكشف بجلاء تقدم الجهات "الإرهابية" في تصفية الرموز السياسية السلمية المناهضة للعنف، وزرع أجواء الخوف وتفجير الوضع العام بالبلاد والدفع به إلى دوامة الاضطراب والفوضى. وأدان المرصد بشدة العمل "الإرهابي" الذي استهدف أحد المدافعين على القيم الديمقراطية والفاعلين في الثورة التونسية ويقف مع عائلته وأصفيائه وأحبائه ورفقائه إجلالا لروحه وعزاء لفقدانه وطلبا لرحمة الله تعالى وغفرانه. ولاحظ المرصد التونسي لاستقلال القضاء أن الملابسات المرتبطة بجريمة الاغتيال وطريقة تنفيذها واختيار توقيتها تمثل تحديا صارخا للسلطات العامة ومؤشرا خطيرا على تقصير أمني وسياسي في مواجهة الإرهاب المنظم وحماية النشطاء السياسيين. وحمّل المرصد السلطة التنفيذية ممثلة في وزارة الداخلية مسؤولية الكشف عن الجناة المتسبّبين في اغتيال الشهيد محمد براهمي، داعيا إلى رفع العراقيل أمام البحث في جريمة اغتيال الشهيد شكري بلعيد استنادا إلى احتكار الجهات الأمنية لوسائل البحث وإمكاناته وإشرافها المباشر على مصالح الضابطة العدلية. وفي نفس السياق دعا المرصد إلى دعم شفافية الأبحاث على مستوى التحقيق في مثل هذه الجرائم وخصوصا في قضيتي الاغتيال السياسي ووضع وسائل البحث على ذمة قضاة التحقيق وتمكينهم من ممارسة سلطة وظيفية حقيقية على مصالح الضابطة العدلية ورجال الأمن التابعين لها ضمانا لنجاعة الأبحاث واستقلال القضاة المكلّفين بها.