De nombreuses rumeurs circulent sur la cause du décès de Yasser Arafat. Certains des partisans de ce dernier accusent les autorités israéliennes d'avoir provoqué la mort de leur leader par empoisonnement, en prétextant que le poison est l'arme favorite du Mossad, ce que nie Israël. D'autres rumeurs disent qu'Arafat est atteint du VIH et ses détracteurs lui reprochent d'être un homosexuel. D'autres affirment qu'Arafat a été la victime de son propre camp désireux de tourner rapidement une nouvelle page de l'histoire palestinienne. Souha Arafat accuse Mahmoud Abbas et Ahmed Qoreï de vouloir l'« enterrer vivant » pour hériter de son pouvoir, dans une déclaration à Al-Jazira.
L'hypothèse de l'empoisonnement Selon son neveu, Nasser Al-Qidwa, qui a reçu le dossier médical composé de 558 pages du document (plus des radiographies), l'hypothèse d'un empoisonnement n'est pas exclue bien qu'« aucun poison connu » n'ait été décelé. Le médecin jordanien Ashraf Al-Kourdi, médecin des différents rois de Jordanie et qui suivait également le président palestinien, avait examiné Arafat durant la phase critique de sa maladie, avant son transfert en France et il a déclaré avoir perçu des indices d'empoisonnement peu après le décès de Arafat. Certaines sources affirment que Souha Arafat a saisi la justice pour qu'aucune information de son dossier médical ne soit transmise et aurait refusé une offre de 2 millions de dollars en échange de l'accès au dossier médical d'Arafat. L'autopsie pratiquée par les médecins militaires français ne révèle aucune trace de poison connu.
L'hypothèse du Sida Un an après la mort d'Arafat, Ahmed Qoreï, le premier ministre à l'époque, a annoncé que les raisons de la mort de Yasser Arafat restaient toujours mystérieuses. Selon lui, aucune trace de virus, de germe, du VIH ou de bactérie n'a été trouvée. En effet, les médecins tunisiens qui ont examiné Arafat ont procédé à un test VIH qui s'est révélé négatif. Selon un expert israélien « Il est inconcevable qu'une maladie qui a duré deux semaines, avec de terribles diarrhées, des vomissements violents, de graves problèmes du système digestif, et qui a produit de sérieux phénomènes de coagulation ait été provoquée par le sida ».
