Afin d'accroître la sécurité de son web mail, Yahoo annonce deux mesures, en l'occurrence le "One Time Password" (OTP) et la "démocratisation du chiffrement des messages". Grâce au système OTP –pour One Time Password-, les utilisateurs ayant renseigné leur numéro de mobile à Yahoo! devront entrer un code à quatre chiffres, reçu par SMS, pour se connecter. Yahoo! a également annoncé être en train de plancher sur un plugin pour Yahoo! Mail qui propose de chiffrer un message sortant et de lire un email sécurisé directement depuis Yahoo! Mail. La décision du chiffrement des échanges a été justifiée par le directeur de la sécurité de Yahoo!, Alex Stamos: "beaucoup d'utilisateurs de Yahoo! vivent dans des pays où leur liberté d'expression et leur liberté d'association ne sont pas respectées, et où les Etats tentent d'introduire des malwares dans leurs ordinateurs pour les surveiller". Le plugin développé conjointement avec Google a été publié sur le répertoire GitHub et disponible pour être audité par les utilisateurs, avant son entrée en vigueur au début de 2016.
