اعتبر رئيس الجمهورية محمد المنصف المرزوقي ان قرار تسليم البغدادي المحمودي الى السلطات الليبية تجاوز لصلاحياته، وقرر عرض المسالة على المجلس الوطني التاسيسي للنظر في الموقف الذي يمكن اتخاذه بمقتضى الفصل 20 من التنظيم المؤقت من السلط العمومية. وجاء ذلك في تصريح للناطق الرسمي باسم رئاسة الجمهورية "عدنان منصر" الذي اكد ان المرزوقي اعتبر ان قرار التسليم يهم السياسة الخارجية للبلاد التي هي من صلاحياته وليست من صلاحيات الوزير الاول. وأكد المرزوقي ان القرار يخرج عن مبدأ التوافق داخل الترويكا، ويهدد صورة تونس في العالم فيما يتعلق باحترام مقومات العدالة. كما حمل كل المسؤولية لحمادي الجبالي، الذي امضى القرار، في حال هددت السلامة المعنوية والجسدية للمحمودي. من جهتها اقرت هيئة الدفاع عن المحمودي ان عملية التسليم غير قانونية باعتبار انه لم يتم إعلام أعضاء الهيئة وعائلة المحمودي .