قرر رئيس الجهورية المؤقت محمد المنصف المرزوقي عرض ما اعتبره "تجاوزا للصلاحيات" في تسليم البغدادي المحمودي إلى السلطات الليبية على "المجلس الوطني التأسيسي لأخذ ما يتوجب من مواقف بمقتضى الفصل 20 من التنظيم المؤقت للسلطات العمومية . جاء ذلك في تصريح مكتوب للناطق الرسمي باسم رئاسة الجهورية عدنان منصر مساء يوم الأحد أوضح فيه أن "تسليم البغدادي المحمودي رئيس الوزراء الليبي السابق قرار غير شرعي وتم بشكل أحادي ودون تشاور بين الرئاسات الثلاث وموافقة وإمضاء رئيس الجمهورية". كما صرح منصر بأن رئيس الجمهورية المؤقت "يعتبر أن تسليم المحمودي يهم السياسة الخارجية لتونس أكثر مما يهم ميدان القضاء وأن السياسة الخارجية هي من صلاحيات رئاسة الجمهورية وفي حالة الخلاف تجري استشارة المجلس التأسيس". وأكد "رفض رئاسة الجهورية تسليم المحمودي وتحميلها رئيس الحكومة المؤقتة الذي أمضى أمر التسليم كل المسؤولية فيما قد ينجر عنه من تهديد للسلامة المعنوية والجسدية للمحمودي وما قد يكون لهذه الخطوة من انعكاسات على الائتلاف " . وذكر الناطق الرسمي باسم رئاسة الجمهورية بأن "الترويكا اتفقت على تسليم المحمودي بعد الانتخابات الليبية وبعد ضمان توفر شروط المحاكمة العادلة للمتهم" لافتا إلى أن "اللجنة التي كلفت بالتحقق من توفر ظروف الاعتقال والمحاكمة التي تحفظ حقوق وسلامة المتهم لم تصدر بعد تقريرها النهائي ". وأضاف أن "أمر التسليم فيه خرق واضح لالتزامات تونس الدولية وتجاه الأممالمتحدة سيما بعد أن طالبت المنظمة الدولية للاجئين السلطات التونسية بعدم تسليم المحمودي قبل البت في مطلب اللجوء المقدم من طرفه بحسب ما يجري به التعامل وفق اتفاقية جينيف لسنة 1951 . وبين عدنان منصر أن "رئاسة الجهورية تعتبر أن تسليم البغدادي بهذه الطريقة يهدد صورة تونس في العالم ويظهرها كدولة غير ملتزمة بتعهداتها وغير حريصة على احترام مقومات المحاكمة.
