طلب المدعي العام للمحكمة الجنائية الدولية في لاهاي بإصدار مذكرة اعتقال في حق لارتكابه وجرائم ضد الإنسانية وجرائم حرب، خلال اندلاع القتال في دارفور غربي السودان من أوت 2003 إلى مارس2004 عندما كان وزيرا للداخلية في ذاك الوقت. وقال اوكامبو أمام المحكمة إن الحسين هو احد الأشخاص الذين يتحملون المسؤولية الجنائية الأكبر بخصوص ما حصل من انتهاكات لحقوق الإنسان في دارفور. وكان القتال قد اندلع نتيجة مطالبة قبائل افريقية بمشاركة اكبر في السلطة و الثورة مستعملين في ذلك السلاح. وتجدر الإشارة إلى أن المحكمة الجنائية قد أصدرت مذكرات اعتقال بحق الرئيس السوداني عمر البشير والبعض من أعضاء حكومته بتهمة ارتكاب جرائم حرب ضد الإنسانية في إقليم دارفور. كما اتهمت البشير بارتكاب إبادة جماعية ضد قبائل الفور والمزغاوة والمساليت في الإقليم.