أدان الأزهر التفجير الذي وقع صباح اليوم الأحد 11 ديسمبر 2016 بالكنيسة البطرسية بالقاهرة والذي خلّف، وفق حصيلة أولية، 25 قتيلا و31 جريحا وأعرب الأزهر عن تعازيه لبابا الإسكندرية، بطريرك الكرازة المرقسية، البابا تواضروس الثاني، وأسر الضحايا والشعب المصري. وأكد في بيان له أن "استهداف دور العبادة وقتل الأبرياء أعمال إجرامية تخالف تعاليم الدين الإسلامي وكل الأديان التي دعت إلى حماية دور العبادة واحترامها والدفاع عنها". وشدد على تضامنه الكامل مع "الكنيسة المصرية ذات المواقف الوطنية ومع جميع الإخوة المسيحيين في مواجهة هذا الاستهداف الإرهابي".