لا يزال الخلاف حول القانون المنظم للهيئات الدستورية لا يراوح مكانه ما يكشف وجود ازمة في كيفية توزيع الادوار بين مفاصل الدولة ، الخلاف الدستوري نشب بين من يتحدث على ضرورة ان يمنح لنواب المجلس صلاحية مساءلة اعضاء الهيئات و اعفائهم من مهامهم في حال خرقهم للقانون و بين من يؤكد ان الهيئات الدستورية لا يجب ان تخضع لاي نوع من الرقابة. و يرى رئيس الهيئة الوطنية لمكافحة الفساد، شوقي الطبيب، في تصريح إعلامي، أن التغييرات والتنقيحات المدخلة من قبل البرلمان على الصيغة الأصلية للقانون الأساسي المتعلق بالأحكام المشتركة بين الهيئات الدستورية المستقلة أفرغت القانون من محتواه. ووجه الطبيب، في بيان، تحذيرًا من تأثير هذا القانون على مشاريع القوانين الخاصة بكل هيئة دستورية، ومن بينها النص المنظم لهيئة الحوكمة الرشيدة ومكافحة الفساد. و يلخص النائب عن النهضة بشير الخليفي مواقف النواب بالإشارة الى أن هناك بعض النواب اقترحوا حذف الفصل 33 وما تبعه وقالوا إن الابقاء عليه يمكن ان يؤدي إلى نفس النتيجة أي بيان الهيئة بعدم الدستورية، وهناك رأي آخر اتجه الى ضرورة الابقاء على رقابة مجلس نواب الشعب على الهيئات الدستورية مع توفير ضمانات كافية لكي لا يقع المس من استقلاليتها . و انقسم نواب الشعب الى فريقين ، الاول يرى أنّ هذا القانون سيقلص من استقلالية الهيئات الدستورية و سيفرغها من محتواها عبر إبقاء الهيئات تحت أعين السياسيين الذين سيسيطرون عليها، فيما يرى الفريق الثاني الذي تقوده حركة نداء تونس و بعض المستقلين ان معاقبة اعضاء الهيئة الانتخابية في حال مخالفتهم للقوانين يأتي في إطار المهام الرقابية لمجلس النواب ، مؤكدين ان مجلس النواب لا يمكن أن يقتصر دوره في مناقشة ميزانية الهيئات. وبيّنت نائبة رئيس لجنة التشريع العام في البرلمان، سماح بوحوال، أن الإشكال الحقيقي يكمن في طرق مراقبة مجلس نواب الشعب للهيئات الدستورية، باعتباره السلطة الأصلية والمنتخب من قبل الشعب، مشيرة إلى المخاوف من تحول هذه الهيئات إلى هياكل قوية تؤسس إلى تنازع اختصاص مع السلطة التنفيذية والتشريعية، وبالتالي فمن الضروري تحمل المسؤولية التاريخية بالتأسيس لآليات رقابية دون خرق الدستور. وكشفت المناقشات داخل البرلمان عن صراعات أخرى بين المؤسسة التشريعية والقضائية، إذ اعتبرت النائبة هاجر بالشيخ أحمد، أستاذة القانون وعضو لجنة التشريع العام، أن المحكمة الدستورية الوقتية تتعمد تعطيل تركيز الهيئات الدستورية، كما تعمدت التشكيك في اختصاص وكفاءة النواب. وقالت النائبة إن "الهيئة الوقتية دخلت في سياسة ليّ ذراع مع البرلمان، بالرغم من أنه ليس هناك أي إشكال دستوري، والمجلس التشريعي قام بالتعديل الضروري، ولكنها ردت القانون مرتين"، مشيرة إلى أن المحكمة الدستورية الوقتية تريد أن تؤسس لهيئات دستورية فوق الرقابة، وهذا لن يسمح به البرلمان. وعبرت منظمات ورؤساء الهيئات التعديلية عن مخاوفهم من محاولات البرلمانيين فرض وصاية على الهيئات الدستورية الجديدة، ببسط سلطة قرارهم على مجالسها، وتكبيل رؤسائها بوسائل الابتزاز السياسي؛ كالإعفاء وحجب الثقة، لتصبح بذلك رهينة للبرلمان وللكتل الحزبية.
