يستعد حزب حركة مشروع تونس للدخول في تحالف جديد مع الحزب “القديم” نداء تونس في إطار كتلة برلمانية جديدة ربما ستكون الأكبر في البرلمان ولكن في الأثناء يعيش على وقع مشاكل داخلية أدت إلى خسارته لعديد من قياداته الجهوية والمحلية وحتى لنواب في البرلمان. وأعلن يوم الاثنين 3 سبتمبر 2018 عدد من أعضاء المجلس المركزي والمكتب الجهوي والمكاتب المحلية استقالتهم من حركة مشروع تونس وذلك بعد انعدام التواصل مع القيادة المركزية حسب نص البيان الممضي من طرفهم. وكان الحزب قد عرف في بداية الشهر عاصفة حيث قدم نواب بارزين استقالتهم من الكتلة والحزب خاصة أن الحزب يعرف عديد المشاكل في علاقة ببعض قرارات الأمين العام محسن مرزوق وتفرده بالرأي حسب البعض من قيادات الحزب. وقدّم كل من النائب الصحبي بن فرج والنائب ليلى الشتاوي والنائب مروان فلفال والنائب سهيل العلويني والنائب هدى سليم، استقالاتهم من كتلة الحرة لحركة مشروع تونس ويأتي قرار الاستقالة النهائية من الكتلة النيابية الحرة لحركة مشروع تونس،لأسباب تهمّ علاقة الحزب بالكتلة النيابية وآلية تسييرها واتخاذ القرار داخلها والتي تجلّت بالخصوص خلال التصويت على الثقة لوزير الداخلية وفق نص الاستقالة التي قدّما الصحبي بن فرج لمجلس نواب الشعب. وأضاف بن فرج أن الاستقالة من الكتلة النيابية تعني حُكْما الاستقالة من جميع المناصب القيادية في المكتب السياسي والتنفيذي لحزب مشروع تونس والتي يتواجد فيها بصفته النيابية . وطلب من مجلس نواب الشعب تبليغ القرار لإدارة حزب حركة مشروع تونس واعتبار هذا المكتوب استقالة نهائية من جميع هياكلها. وكان من المنتظر أن يستقيل عدد من النواب قبل إجراء الانتخابات البلدية لكنهم قرروا البقاء في الحزب إلى ما بعد هذا الموعد الانتخابي ليتجنّبوا اعتبار استقالتهم خرّبت الحزب وأساءت لصورته وتسببت في خسارته. التوتّر القائم بين قيادة الحزب وعدد من قياداته، تعمّق أكثر بعد الانتخابات البلدية، فعدد من قيادات الحزب ونوابه اعتبروا أن شخصية الأمين العام محسن مرزوق أضرّت بالحزب وكانت جزءا من أسباب الفشل، في حين اعتبر الأمين العام أن بعض القيادات والنواب قصّروا في واجبهم ولم يتحركوا ميدانيا بالشكل الكافي الذي يجعل الحزب قادرا على الفوز.