شرع ديوان البحرية التجارية والموانئ في إنجاز جملة من المشاريع الكبرى في إطار برنامجه لتدعيم البنية الأساسية ومواكبة التطور المستقبلي لنشاط السفن.وتهدف هذه المشاريع إلى حماية الموانئ ودعم السلامة والأمن بها وجهر الأحواض وقنال الدخول وصيانة منشآت الموانئ من أرصفة ومسطحات إلى جانب ربط الموانئ بشبكات النقل البري وتدعيم التنوير بها. وتشمل أهم هذه المشاريع أشغال الجهر بمركب ميناءي حلق الوادي/ رادس وميناءي صفاقس وقابس. يذكر أن الديوان قد أنجز خلال سنة 2008 جملة من المشاريع الإستثمارية بلغ عددها97 مشروعا فيما يزال 78 مشروعا في طور الإنجاز.ويصل عدد المشاريع الإستثمارية المبرمجة 309 من المشاريع المقررة لسنة 2009 .