أثارت مسألة تغيب عدد من أعضاء الهيئة العليا المستقلة للإنتخابات عن جلسة الاستماع المخصصة لتقديم ميزانية الهيئة بلجنة النظام الداخلي والحصانة البرلمانية تساؤلات عدد من النواب حول وضع الداخلي للهيئة، منتقدين أن يكون السبب يعود إلى تواصل الخلافات الداخلية التي شهدتها منذ مدة. في هذا الجانب عبّر النائب شاكر العيادي عن خيبته من هذه المسالة ، مبينا أنه "كان يعتقد ان انتخاب رئيس الهيئة سينهي الخلافات التي كادت الهيئة بسببها أن لا تحافظ على الاعتراف الدولي بنزاهتها دوليا وتكون حملا على الانتقال الديمقراطي". وأكد انه كعضو للجنة لا يمكنه مناقشة الميزانية التي تم إعدادها بإشراف الرئيس بالنيابة انور بن حسن وهو المتغيب البارز. ولفت الى أن مناقشة الميزانية يتطلب حضور الاعضاء السابقين لإعطاء لمحة عن جل النقاط التي تستدعي توضيحا، معربا عن شكه في التوصل إلى إعداد الانتخابات البلدية بناء على الوضع الداخلي . من جانبه قال ناجي الجمل "إن الهيئة قد فوتت على نفسها فرصة توجيه رسالة ايجابية الى الراي العام تتعلق بانتهاء الخلافات الداخلية إثر انتخاب رئيس للهيئة". في هذا الإطار أوضح رئيس الهيئة محمد التليلي المنصري أنه لا يملك تفسيرا واضحا حول تغيب الأعضاء وعدم حضورهم الجلسة خاصة وان البعض منهم قد حضر معه الإجتماع مع رئيس الجمهورية. وبين أن مسألة التجديد الدوري للثلث قد خلق عدة إشكاليات قانونية مما جعل الوضع الداخلي للهيئة محرجا، موضحا أن كافة الإحتمالات التي يمكن إتباعها لها سنادات قانونية ودستورية. وتعهد المنصري بأنه سيكون عند المسؤولية من حيث الاستقلالية والحياد والشفافية وتطبيق الدستور، قائلا "كل عملية ديمقراطية يقع فيها نوع من التشكيك وتهم الانتماء.. "سأكون الرئيس الجامع، والفيصل بين أعضاء الهيئة هو تطبيق القانون ومبدأ التشاور".