بغض النظر عن المشاكل المتنوعة التي يعاني منها سكان معتمدية المظيلة فإن تلوث الهواء والتربة يبقى المشكل الأكثر خطورة على صحة المتساكنين الذين يشعرون بخطورة هذا المشكل الذي بدأت انعكاساته السلبية تظهر أكثر فأكثر على الصحة البشرية والنشاط الزراعي. فقد أصبحت معضلة التلوث البيئي تهدد مستقبل وجود الناس في المنطقة خاصة بعد إحداث الوحدة الثانية من معمل المظيلة التابع للمجمع الكيميائي التونسي وبرمجة وحدة ثالثة في المستقبل لتحويل الفسفاط وهو ما يعني المزيد من الهواء الملوث بسبب الغازات السامة المنبعثة من هذه الوحدات الصناعية. فالزائر لمعتمدية المظيلة يصطدم بالرائحة الكريهة التي تصيب الانسان بحالة من الاختناق والغثيان. وسكان المنطقة يتنفسون يوميا هذه الغازات المضرة بالصحة والتي تسبب العديد من المشاكل الصحية خصوصا بالنسبة الى الأطفال الذين يعانون من أمراض الحساسية في العينين والأنف. وقد تأكد ارتفاع عدد مرضى السرطان وهشاشة العظام بالجهة وهو الأعلى في المنطقة. كما سبب هذا التلوث للهواء والتربة أضرار في القطاع الزراعي حيث تضررت واحات كل من قفصة والقصر والقطار وتراجعت انتاجيتها وجودة منتوجها أما الجهة الغربية لمعتمدية المظيلة فتعاني من تراكم نفايات الفسفاط التي لم يتم التخلص منها وهي تشوه المظهر الجمالي للمدينة إضافة إلى تراكم الغبار والأتربة الناتجة عن عملية تحويل الفسفاط في المغاسل القريبة من الأحياء السكانية والتي تتسرب الى داخل المنازل وتجثم على الأثاث والأشجار مع هبوب الريح كما يتنفسها الكبار والصغار.