اعتبر اللواء سامح سيف اليزل، رئيس مركز الدراسات الاستراتيجية بجريدة الجمهورية، أن الأسلوب الذي أدى به رئيس جهاز المخابرات العامة الجديد القسم أمام رئيس الجمهورية يدل على وجود تيار إسلامي في هرم السلطة المصرية. وأكد اليزل في تصريحات صحفية أن طريقة أداء القسم لرئيس المخابرات العامة ليست جديدة، ولكن الجديد فيها هو وضع المصحف الشريف وقسمه عليه، بالإضافة إلى علانية القسم ونشره في وسائل الإعلام المصرية، فهي سابقة لم تحدث في تاريخ الجمهورية المصرية منذ عام 1952، هذا بالإضافة إلى الإعلان عن رئيس الجهاز نفسه يعتبر جديداً على جهاز المخابرات المصرية منذ نشأته.
وفي تطابق للرؤية، أكد الدكتور محمد قدري سعيد، رئيس وحدة الدراسات العسكرية بجريدة الأهرام، أن في القسم على المصحف تأكيد على إضفاء الطابع الإسلامي على نظام الحكم في مصر.
كما ذكر اللواء سامح سيف اليزل أن تأدية اللواء محمد رأفت شحاتة اليمين أمام الرئيس محمد مرسي، يتنافى مع السرية المفروضة على أداء الجهاز. في المقابل، أكد المستشار القانوني لرئيس الجمهورية د.محمد فؤاد جاد الله «أن العلانية في حلف اليمين لرئيس المخابرات الجديد هو قمة الشفافية والوضوح والتطور لدور المخابرات العامة».
إلا أن اليزل أبدى اعتراضه على حلف اليمين على المصحف وتساءل «ماذا لو كان تم اختيار رئيس الجهاز من المسيحيين مثلا».؟ أما اللواء عادل سليمان، رئيس مركز دراسات المستقبل، فقال «إن قسم المخابرات العامة، الذي تم نشره قسم جديد، وإنه تمت صياغته بما يتماشى مع مهمة رئيس المخابرات العامة.