انتقدت المنظمة المصرية لحقوق الانسان المحاكمة العسكرية ل40 من قيادات جماعة الاخوان المسلمين والحكم في عام 2008م على 25 منهم بالحبس لمدد تتراوح بين 3 الى 10 سنوات، وفي مقدمتهم المهندس خيرت الشاطر النائب الثاني للمرشد العام للاخوان. واكدت في تقريرها السنوي لعام 2008م مخالفة احالة المدنيين للمحاكمات العسكرية لاحكام الدستور المصري والمواثيق الدولية المعنية بحقوق الانسان التي صدقت مصر عليها، مشددة على افتقار تلك المحاكمات لابسط حقوق المحاكمة العادلة والمنصفة. ورصدت المنظمة في تقريرها العديد من الانتهاكات التي شابت المحاكمة، ومنها تجاوز هيئة المحكمة عن العديد من طلبات الدفاع، ومن اهمها طلبه التحقيق في وقائع التزوير والسرقة التي تمت من قبل الافراد القائمين على الاعتقال. وندد التقرير بمنع المراقبين الدوليين والوطنيين والمنظمات الحقوقية من حضور جلسات المحاكمة، بالاضافة الى منع الصحفيين والاعلاميين من حضور الجلسات، فضلا عن عقد الجلسات بصفة شبه يومية؛ الامر الذي لم يعط الفرصة كاملة لهيئة الدفاع لاعداد دفاعها، كما استنكر قرارات السلطات المصرية بمنع بعض المواطنين من السفر بما يخالف المادة "41" من الدستور المصري؛ التي تحظر تقييد حرية اي شخص او منعه من السفر، بما يخالف المواثيق الدولية المعنية بحقوق الانسان. واشار في ذلك الى منع عبد الحميد الغزالي الاستاذ بكلية الاقتصاد والعلوم السياسية من السفر الى الجزائر في اغسطس 2008م لتلبية دعوة المشاركة في مؤتمر لاحدى الجامعات، ومنعه كذلك من السفر الى اليمن للمشاركة في ندوة علمية. واضاف تقرير المنظمة ان قوات الامن منعت في يونيو 2008 الدكتور محمد بديع عضو مكتب الارشاد لجماعة الاخوان المسلمين من السفر لاداء مناسك العمرة هو وزوجته، بالرغم من حصوله على موافقة مسبقة من مباحث امن الدولة، موضحا انه تم منع الحاج حسن زلط احد قيادات الاخوان المسلمين من السفر لاداء مناسك العمرة في سبتمبر 2008م. وافاد بان الاجهزة الامنية منعت الدكتور عصام العريان والدكتور جمال حشمت القياديين بجماعة الاخوان من السفر الى دمشق لحضور مؤتمر "حق العودة" للفلسطينيين في نوفمبر 2008م، وشمل التقرير كذلك منع احمد نصار الناشط السياسي وجمال عيد المدير التنفيذي للشبكة العربية لمعلومات حقوق الانسان. وانتقد التقرير ما شهدته انتخابات المجالس الشعبية المحلية في ابريل 2008م من انتهاكات تمثلت في غياب الاشراف القضائي عليها؛ مما ادى الى التلاعب بارادة الناخبين والتشكيك في مدى نزاهتها، بالاضافة الى اجراء الانتخابات وسط عزوف معظم القوى السياسية عن المشاركة؛ نظرا لما مارسته الاجهزة الامنية ضدها من اعتقالات وتهديدات؛ الامر الذي افرغ الساحة امام الحزب الوطني وفاز باكثر من 97 بالمئة من المقاعد. ورصدت المنظمة في تقريرها العديد من الانتهاكات التي شابت اجراء انتخابات مجلس الشعب التكميلية في 6 دوائر، ومنها قيام قوات الامن بفرض حظر التجول حول مقار بعض اللجان الانتخابية، واغلاق بعضها امام المواطنين، واضافت ان الانتخابات شهدت حالات تصويت جماعي من قبل مندوبي الحزب الوطني، واتمام جميع مراحل العملية الانتخابية في ظل غياب الرقابة القضائية؛ ما نتج منه فوز مرشحي الوطني في جميع الدوائر. وفيما يتعلق بالانتخابات الطلابية ادان التقرير تعسف ادارة الجامعات وامنها مع طلاب الاخوان المسلمين ومنعهم من القيام باية انشطة طلابية، وتهديدهم بالفصل والتعرض لمجالس تاديب. وندد التقرير باغلاق ادارات رعاية الشباب بكليات جامعة القاهرة امام الطلاب لمنعهم من تقديم اوراق ترشيحهم، ورفض شؤون الطلاب استلام استمارات الترشيح واعطاء بعض الطلاب ايصالات غير مختومة بحجة عدم وجود اختام، كما ندد بالانتقائية الشديدة التي تعاملت بها ادارات جامعات عين شمس وحلوان والمنصورة؛ حيث تم قبول اوراق ترشيح طلاب بعينهم ورفض اخرى، وتسهيل الاجراءات لبعض الطلاب دون اخرين!.
