مباشرة بعد إعلان التحالف بين الأحزاب الفائزة إعلان اتفاقها على ترشيح الدكتور منصف المرزوقي رئيسا للجمهورية التونسية الثانية المنتظر تنصيبه في المجلس التأسيسي قريبا، أكد هذا الأخير في تصريحه للشروق اليومية بفندق الماجستيك بالعاصمة التونسية أن العلاقات الجزائريةالتونسية بعد عهد الرئيس المخلوع بن علي ستكون أحسن في عهد الجمهورية الثانية، كما أن حقوق الرعايا الجزائريين التي هضمت والمساجين الإسلاميين وغيرهم الذين غيبوا في سجون إبان العهد البائد سترجع كاملة إلى أصحابها الجزائريين في تونس المستقلة وسيكشف عنها كاملا. وفي رده على سؤال للشروق اليومية عن مستقبل العلاقات الجزائرية في المرحلة الجديدة، (أجاب المرشح الوحيد لرئاسة الجمهورية التونسية الثانية) المرزوقي "ستكون علاقات أخوة وعلاقات إنسانية وعلاقات تعاون، فمثلا وضع الجزائريين الذين كانوا في عهد النظام البائد كان وضعهم مزر جدا وغير مقبول، والرعايا الجزائريون سيكونون مثل المواطنين التوانسة فيما يخص الإقامة والتساوي مع جميع إخوتهم التونسيين في الحقوق وبلادنا وقلوبنا مفتوحة لإخوتنا الجزائريين، وكل الصعوبات التي طبعت العلاقات الثنائية في عهد الدكتاتورية ستزول وستحل محلها علاقات جيدة وخير منها إن شاء الله. وعن سؤال ثان يخص قضية السجناء الجزائريين، خاصة الإسلاميين الذين تم تغييبهم في السجون السرية وغيرها في عهد الرئيس المخلوع بن علي وكيف سيكون حلها في عهد تونس الجديد في الوقت الذي هم مسجلون في الجزائر لا على أساس أنهم مفقودون منذ أكثر من 15 سنة، وبعضهم صدرت أحكام في حقه باعتباره في عداد الأموات في الوقت الذي يتواجدون فيه في السجون السرية التونسية؟ رد منصف المرزوقي أن "كل الجرائم التي ارتكبها بن علي ونظامه ستسوى لصالح الإخوة الجزائريين ولصالح الديمقراطية التونسية، لكننا في الوقت ذاته لسنا مسؤولين عن كل الفظاعات التي ارتكبها ذلك النظام وبالعكس نحن سنسوي كل الوضعيات، خاصة منها الإنسانية ومثل ما ذكرت بخصوص الجزائريين، ونحن على استعداد أن نحل كل المشاكل الإنسانية العالقة سواء المشاكل المتعلقة بالإقامة والزواج وبالإرث والعمل، وكل هذه المشاكل ستحل في أقرب فرصة، بالنسبة لإخوتنا الجزائريين وبالنسبة لإخوتنا المغاربة، وأما بالنسبة لي شخصيا وبالنسبة لكل الناس أعتقد أن حقوق المغاربيين ستكون إن شاء الله محفوظة في هذه الأرض التي تعتبر جزءا من المغرب العربي. أما فيما يخص الشهداء والجرحى التونسيينوالجزائريين بمنطقة الكرم الغربي بالعاصمة تونس وغيرها الذين سقطوا في ثورة الياسيمن، فقال منصف المرزوقي، "أن قضية الشهداء والجرحى هي من أولوياته كرئيس للجمهورية، وأنه أقسم على تسوية وضعية ملف عائلات الشهداء والجرحى، وأنه كلف شخصيا لجنة للبدء بالعمل على دراسة هذه الملفات". وعن رده على قضية الدكتور محمود البغدادي الوزير الأول الليبي المعتقل في السجون التونسية على خلفية طلب تسليمه للمجلس الوطني الانتقالي في ليبيا الجديدة، رد الدكتور منصف المرزوقي "هذا موضوع في الوقت الحاضر الحكومة لم تقرر بعد هذا الأمر، وبالنسبة إلينا بطبيعة الحال مثلما نحن نطالب المملكة العربية السعودية بتسليم بن علي إلى الدولة التونسيةالجديدة مع ضمان كرامته وضمان حرمته الجسدية، خاصة ضمان محاكمة عادلة وشفافة، ونعتبر أيضا أنه حينما تحين الظروف في ليبيا لمحاكمة عادلة وشفافة، فمن حق ليبيا أن تسترجع الدكتور المحمود البغدادي، لكن نحن في الوقت الحاضر نتريث في هذا الموضوع". وحول سؤال ل"الشروق" للدكتور المرزوقي في موقف السلطات التونسيةالجديدة من ربيع الثورات العربية التي أطاحت بعدد من رؤساء وزعماء الدول، والثورة السورية التي تشتد من يوم إلى آخر وسقط فيها الآلاف من الشهداء وهل هو كرئيس قادم للجمهورية التونسية الثانية يدعو لرحيل بشار الأسد ووقف التقتيل السائد في سوريا، فأجاب "نحن مع وقف تقتيل الشعب السوري على يدي نظامه وعلى هذا النظام الكف عن هذه الممارسات التي اكتوت بها الشعوب العربية على يد جلاديها".