سجلت النقابات الأساسية بالخطوط التونسية المنضوية تحت الجامعة العامة التونسية للشغل انشغالها و قلقها لما وقع نشره على موقع وكالة الأنباء القطرية بتاريخ 18 أكتوبر 2012 و الذي يفيد أنه تم إمضاء مذكرة تفاهم في مجال النقل الجوي للمسافرين و البضائع بين رئيس الهيئة العامة للطيران المدني بدولة قطر و مدير عام الطيران المدني بالجمهورية التونسية بموجب الحرية الخامسة الذي يمكن النقالة الجوية القطرية من حق الامتياز بنقل المسافرين و البضائع من و إلى مطار تونسقرطاج الدولي. واعتبرت ان هذا التعاقد يفوت في خطورته بالنسبة للخطوط التونسية ما قد يمكن أن يحدث في مجال المنافسة عند بداية العمل بمنظومة السماء المفتوحة الذي سيقتصر على مطاري توزر و طبرقة في البداية فجربة و النفيضة و أخيرا المنستير و تونس.وشجبت هذا الإجراء الذي سيزيد في تدهور الوضعية المالية لمؤسساتنا فلا مجال للمقارنة بينها وبين الشركة القطرية التي تتفوق على الطيران التونسي تجهيزا و إمكانات مالية . وطالبت بكل إصرار سلطة الإشراف بالتدخل للإلغاء هذه الاتفاقية أو أي مذكرة تسيء للخطوط التونسية و لا تراعى فيها مصلحتها المادية و المعنوية. مع العلم و أن الإدارة العامة الحالية أكدت أن لا علم لها بالموضوع و لم تقع استشارتها أو تشريكها في التفاوض المزعوم وحذرت كل من تخول له نفسه و مهما كانت صفته أو موقعه من أن يتلاعب بالمؤسسة أو أن يستخف بالأعوان و الإطارات. ودعت كل الأعوان مهما اختلفت توجهاتهم السياسية أو الاجتماعية أن يهبوا كالرجل الواحد لإنقاذ هذه المؤسسة .