وجّه الخميس 30 سبتمبر، رئيس الجمهورية قيس سعيد انتقادات لاذعة للهيئة العليا المستقلة للانتخابات مشكّكا في علويتها واستقلاليتها. وخلال استقباله لرئيس هيئة محاكمة المحاسبات نجيب القطاري قال الرئيس قيس سعيّد "لا بد ان أؤكد ان الهيئة العليا أو التي توصف انها عليا يجب أن تكون مستقلة بالفعل". وتابع منتقدا الهيئة "سمعت في الأيام الأخيرة موقفا حول جملة من التدابير التي اتخذتها ولا دخل للهيئة المستقلة او التي يدعي البعض أنها مستقلة ان تتدخل في مثل هذه المسائل". وأثارت تصريحات رئيس الجمهورية عديد التفاعلات حيث رجّح البعض أن رئيس الجمهورية وعلى غرار هيئة مراقبة دستورية القوانين قد يذهب أيضا الي الغاء هيئة الانتخابات وتغيير تركيبتها أو اسناد وزارة الداخلية صلاحيات الاشراف على الانتخابات أو الاستفتاءات التي قد يدعو اليها رئيس الجمهورية. يذكر أن رئيس الهيئة نبيل بفون كان اعتبر اجراءات 25 جويلية غير متطابقة مع الدستور وأكّد أنه لا يمكن التوجه لانتخابات مبكرة في ظل الفراغ حسب تعبيره. كما أن الرئيس السابق للهيئة شفيق صرصار وفي تعليقه على الأمر الرئاسي 117 نبّه الي أن هناك تغييرا نحو تركيز السلطات بيد رئيس الجمهورية وغياب الرقابة على أعماله.