Les dérapages de M. Moncef Ben Salem, ministre de l'Enseignement supérieur et de la Recherche scientifique, ne se comptent plus. Il compte parmi les personnalités les plus controversées du gouvernement Jebali. La dernière déclaration en date a été faite mardi 03 avril 2012, lors d'une interview accordée à Shems FM. M. Ben Salem affirme que les médias s'acharnent contre lui et déforment systématiquement ses propos. Il précise que le gouvernement provisoire actuel et certaines personnes, à l'instar de son fils, soupçonné de faire partie des salafistes et sit-inneurs de la Faculté de la Manouba, sont la cible des médias En ce qui concerne ses déclarations au Canada, le ministre a indiqué que cette affaire ressemble plutôt à un complot contre lui. Une vidéo a été publiée sur le réseau social Facebook, pour l'attaquer en personne. Cette vidéo montre Moncef Ben Salem en train de parler ironiquement de la création d'une faculté de médecine à Sidi Bouzid, ironie qui a suscité l'indignation des autochtones et a fait l'objet d'une vive condamnation : « L'enregistrement partagé sur les réseaux sociaux, relatif à mes déclarations n'a pas été diffusé dans son intégralité dans une intention malveillante de provoquer les habitants de Sidi Bouzid ». Ben Salem a, également, commenté les appels à la démission lancés par quelques députés de l'Assemblé nationale constituante. Le ministre a rejeté les déclarations de ces députés, parmi lesquels on trouve Samir Bettayeb, PDP, et Skander Bouallègue, Al Aridha Al Chaâbia. Le ministre a précisé qu'il ne compte pas quitter son poste : « C'est le peuple qui m'a élu et mon ministère et ouvert à tous ».
