A l'instar d'Al Azhar, au Caire, la mosquée Ezzeïtouna a été depuis son institution par Hassan Ibn Annoômane entre le 8e et le 9e siècle de l'Hégire et son réaménagement par Abdullah Ibn Al Hab Hab vers le 11e siècle, destinée à dispenser aux musulmans les enseignements des préceptes de l'Islam ainsi que les fondements de la langue et de la littérature arabe. Au fil du temps, elle était devenue l'université islamique la plus réputée au Maghreb, d'autant plus que les plus grands érudits et théologiens tunisiens et même maghrébins y ont été formés. Citons à titre indicatif et non limitatif, Ibn Khaldoun, El Khedher Housseïn Cheïkh Salem Bouhajeb, Cheïkh Tahar Ben Achour et tant d'autres. Ibn Khaldoun avait enseigné aux côtés de Ibn Arafa qui fut naguère son professeur à cette même université zeïtounienne. Le Cheïkh Tahar Ben Achour, maître incontesté de l'exégèse coranique avait été à la tête de l'université Ezzeïtouna à deux reprises. La première durant la période coloniale sous Ahmed Bey II, il y avait entrepris des réformes qui n'ont pu aboutir à cause des Zeïtouniens conservateurs qui craignaient n'importe quel changement et voulaient que cette situation d'obscurantisme et de médiocrité, qui arrangeait le colonisateur, perdurât le plus possible. La deuxième fois où le Cheikh Tahar Ben Achour fut appelé à diriger l'université zeïtounienne, c'était à l'aube de l'indépendance et ce fut à cette occasion que des réformes dans l'enseignement zeïtounien ont pu aboutir. D'autant plus que c'était un problème qui le prenait à cœur depuis qu'il avait écrit en ce sens un ouvrage intitulé : " L'aube n'est-il pas proche ? " (Alyssa Assobhou Bikarib). Déjà, à l'époque de Ahmed Bey 1er, ce souverain qui avait introduit des réformes dans plusieurs domaines, s'était intéressé à l'enseignement zeïtounien et surtout à la formation des enseignants au sein de cette université. Il assistait lui-même à des cours de théologie ou d'exégèse et ne manquait pas de donner ses observations, tendant à améliorer la méthode de l'enseignement en général. Toutefois, durant l'ère coloniale, l'enseignement connût un déclin, notamment dans les premières années de la colonisation. Les étudiants au sein de la mosquée Ezzeïtouna appelèrent à la modernisation de l'enseignement par l'introduction des matières scientifiques, telles que les mathématiques, les sciences physiques ou les sciences naturelles. En mai 1898, une commission se réunit sous la présidence du Premier ministre à l'époque : El Aziz Bouattour. Cette commission était constituée par deux Cheïkh El Islam représentant les deux rites malékite et hanéfite ainsi que par des enseignants dont le Cheïkh Salem Bouhajeb et Béchir Sfar. Il fut décidé de détacher l'université zeïtounienne du ministère de l'Instruction publique (Education nationale) en la plaçant sous la tutelle du Premier ministère. Les étudiants zeïtouniens étaient obligés désormais et suite à la décision de ladite commission, de prendre des cours dans des disciplines scientifiques. Celles-ci étaient dispensés par l'Institution de la Khaldounia, nouvellement créée. Cette réforme, jugée insuffisante par les étudiants zeïtouniens, suscita la hargne et la grogne de certains enseignants conservateurs qui considéraient qu'on ne devait toucher à la vocation de l'université zeïtounienne consistant à dispenser une formation purement théologique et non scientifique.Une grève fut décidée en juin de la même année en signe de protestation. Cependant, certains militants de l'époque étaient pour une réforme substantielle de l'enseignement zeïtounien, dont notamment le Cheïkh Thaâlbi qui venait de rentrer du Caire où une réforme a été entreprise dans l'enseignement à l'université d'Al Azhar, vers le début du siècle dernier. Il appelait notamment à la modernisation et l'introduction des matières scientifiques. Il faut dire qu'à l'époque, les avis étaient partagés sur ce point et, abstraction faite du conservatisme des vieux enseignants de l'université zeïtounienne, certains voulaient que celle-ci fut uniquement à vocation théologique. D'autant plus qu'à la Khaldounia, des cours de mathématiques, sciences naturelles et physiques y étaient dispensés. Les étudiants zeïtouniens pouvaient avoir accès à cet institut à vocation multiple. Cependant, ceux-ci appelaient pour la plupart à une réforme au sein de leur université qui n'était pas, estimaient-il, à vocation uniquement théologique.
