Quelles sont les causes de la grande discorde ? Elles sont nombreuses selon les historiographes arabes. Il est en tous les cas hors de doute que la cause essentielle est due aux animosités qui avaient été nourries au fil du temps entre les hommes qui appartenaient à des tribus ennemies. Sans compter les multiples tensions qui allaient en grandissant à cause des différences de conviction quant à certaines questions relatives aux préceptes de l'Islam et à l'interprétation du Coran et du Hadith, les deux sources principales de la religion. Déjà des problèmes de gouvernance, commençaient à se poser depuis Omar Ibn Al Khattab, qui était sévère en matière d'application de la Chariâa. Ce qui suscitait la colère de ceux s'opposaient à cette sévérité excessive. Cependant le régime institué dès Aboubakr , était celui de l'instauration de la Justice et de l'égalité entre tous, conformément aux enseignements de l'Islam Taha Hussein écrit dans son ouvrage à ce propos « C'est ce régime que le Califat islamique avait, dès le temps d'Aboubakr et Omar, essayé d'instituer. Cependant à peine eut-il entamé l'expérience qu'Aboubakr mourut et Omar qui l'a fait avancé à grands pas fut assassiné avant d'en être pleinement satisfait. On rapporte qu'il disait vers la fin de ses jours : Si j'avais à recommencer, j'aurais pris aux riches le surplus de leurs biens pour le rendre aux pauvres. » en effet les deux grands principes de base de l'Islam sont : L'unicité de Dieu et l'égalité entre les hommes. L'une des causes de la Fitna a été la répartition inéquitable des richesses. Ce que Abou Dhar Al Ghaffari avait fait remarquer à Othman Ibn Affen. Ce fidèle compagnon du Prophète, ne demandait ni à s'enrichir ni à profiter des plaisirs de la vie. il était soucieux du respect des enseignements de l'Islam tels qu'édictés au Prophète Mohamed à travers le Saint Coran.
