La sécurité des croyants était menacée à cause des apostats qui avaient renoncé à l'Islam, après la mort du Prophète Mohamed, Aboubakr fut alors préoccupé par cette question, qui le prenait à cœur. Il avait agi en chef d'Etat en organisant l'armée, en nommant à sa tête des chefs qui avaient fait leur preuve lors des combats contre les païens, et avaient soutenu et défendre le Prophète de toute leur force. Cela ne l'avait pas empêché de s'occuper en même temps des affaires civiles, pour imposer ses ordres, pour régir les relations entre les fidèles, intervenant tantôt en arbitre pour trancher certains litiges et tantôt en chef d'Etat prenant des résolutions dans l'intérêt général. Parmi celles-ci, sa position vis-à-vis de Fatma, fille préférée du Prophète et épouse de Ali. A la mort du Prophète, elle lui réclama sa part d'héritage. Mais Aboubakr lui répondit par la négative. Le patrimoine du Prophète sera distribué aux pauvres. C'est le testament du Prophète lui-même tel que l'avait soutenu Aboubakr. Dans son ouvrage « Ashaïkhane » Taha Hussein affirme que Aboubakr devait se trouver devant un dilemme : contrarier Fatma, la fille préférée du Prophète, ou trahir la volonté de ce dernier. La mort dans l'âme, il préféra la première solution, par fidélité à Mohamed. Par ailleurs, il était très vigilant à l'égard des chefs de l'armée qu'il sut maitriser avec sagacité et stratégie. Les révoltes s'étaient multipliées à son époque. Les tribus de Hijaz rejetaient l'Islam, et celles de Nejd refusaient de payer la Zakat. Aboubakr, avait rencontré des oppositions dès la première année de son investiture à la Califat mais il sut les surmonter. Omar Ibn Al Khattab, qui était son conseiller en quelque sorte, l'incita à rassembler le Saint Coran, pour le compiler en un seul livre. Ce qui fut fait, grâce à Zayd Ibn Thabet qui accomplit cette mission avec succès. Aboubakr avait su choisir l'homme qu'il fallait pour cette délicate mission. Zayed Ibn Thabet était le secrétaire ou scribe personnel du Prophète Mohamed. Il lui arrivait de ce fait, de transcrire des versets coraniques sur les feuilles de palmiers ou les omoplates de chameau. Mais comme c'était la tradition orale qui prévalait à l'époque, il y avait plusieurs récitateurs qui retiennent de prime abord les versets coraniques qu'énonçait le Prophète en leur présence au fur à mesure qu'ils lui ont été révélés. Il y avait ainsi, plus d'une centaine de récitateurs qui retenaient par cœur les versets coraniques. Cependant et à l'avènement d'Aboubakr, plusieurs parmi ces récitateurs ont péri dans les multiples batailles, dont notamment celle d'Al Yamama contre Musaylima. Craignant la perte du Coran il confia alors la mission de rassembler à Zayed Ibn Thabet précité. Quant à Musaylima, c'est un imposteur qui, à l'époque avait prétendu qu'il avait eu la révélation, à l'instar de Mohamed et qu'il était donc comme lui, un prophète. Il était connu sous le nom de Musaylama Al Kadhab et se donna le titre de Rahman Al Yamama, par référence à cette région à l'Est de Nejd en Arabie, dont il était originaire. Il cherchait à partager le pouvoir avec le Prophète Mohamed et son but n'était que de vouloir dominer pour mieux exploiter ses semblables. Selon Atabarani, historiographe arabe, Musaylima avait envoyé une missive en ce sens au Prophète formulée comme suit : « Moi, Musaylima Rahman du Yemama à Mohamed, fils d'Abdallah, Messager parmi les Quoraychites. En ton nom, ô Dieu, secours constant ! Or, à moi la moitié de la terre, à toi l'autre moitié. Mais vous, les Bani Abdelmuttalib, vous n'aimez pas le partage équitable. Le Prophète répondit, tout simplement, à Mussaylima le menteur : « Moi Mohamed, Messager de Dieu à Musaylima, le menteur. … « La terre est à Dieu, il en donne la possession à qui il veut parmi ses serviteurs… »
