Près de deux mois après la tempête provoquée dans les rapports entre Tunis et Tripoli (gouvernement de Salut national, islamiste), le terrorisme provoque une nouvelle tension cette fois-ci dans les rapports de la Tunisie avec le gouvernement intérimaire libyen, installé à Tobrouk. Deux jours après l'attaque de Ben Guerdane et suite à l'affirmation par le président Béji Caïd Essebsi "La Libye exportait la barbarie", le gouvernement libyen intérimaire a publié, mardi 8 mars, un communiqué dans lequel il réagit à ces propos. D'abord, le gouvernement de l'Est libyen y rappelle "aux pays du voisinage et à la communauté internationale" que la "Libye mène une guerre contre les groupes terroristes depuis près d'un an et demi avec des efforts modestes et sans l'aide de personne“. Ensuite, il reproche à la Tunisie et aux autres sans les nommer de "ne pas traiter et coordonner avec les autorités légitimes en Libye et de nouer des relations avec ceux qui adoptent, financent et arment ces groupuscules. Ce qui en a favorisé la pénétration dans les pays voisins. Chose contre laquelle le gouvernement intérimaire libyen a mis en garde à de multiples reprises". Mais le gouvernement de Tobrouk va plus loin lorsqu'il fait remarquer qu'"une grande partie des souffrances de la Libye est imputable à des personnes de diverses nationalités y compris tunisienne" et que "la plupart des opérations-suicides effectuées à Benghazi et dans d'autres villes libyennes et qui ont causé la mort ou blessé de nombreux citoyens innocents, sont le fait des mêmes tueurs portant la même nationalité. Les choses en sont arrivées jusqu'à la participation de femmes". Après avoir lancé ces accusations, le gouvernement libyen intérimaire se rattrape en déclarant qu'il voudrait "réaffirmer que ces terroristes ne représentent qu'eux-mêmes et qu'on ne peut d'aucune manière reprocher au peuple tunisien des actes commis par une bande de hors-la-loi qui ne représentent pas nos frères tunisiens qui ont des valeurs et une moralité que nous respectons totalement". Le gouvernement de Tobrouk conclut son communiqué en lançant un appel à tous les pays de la région et à la communauté internationale à "intensifier la coopération contre ces groupes" et à "ne pas se barricader derrière les frontières, car le terrorisme (...) n'a ni nationalité ni nation". Début janvier 2016, et après l'attentat commis jeudi 7 janvier 2016 contre une école de formation des garde-côtes dans le quartier de Soug Al-Talata (à Zliten), par un kamikaze tunisien, et revendiqué par Daech, le gouvernement de Salut national, basé à Tripoli, avait reproché à la Tunisie non pas cette opération mais le fait que certains médias et responsables tunisiens imputent à la Libye des attentats survenant en Tunisie alors que le gouvernement de Tripoli «n'accuse pas le gouvernement ou le peuple tunisiens pour les opérations terroristes en Libye» et noté que le gouvernement tunisien aurait plutôt «dû présenter ses condoléances» pour les pertes occasionnées par l'attentat de Zliten, qui avait fait près de 80 victimes et 150 blessés.
