Ils sont neuf ministères (Santé publique, Agriculture et Ressources hydrauliques ; Affaires de la Femme, de la Famille, de l'Enfance et des Personnes âgées ; Enseignement supérieur ; Tourisme ; Industrie, Energie et Petites et Moyennes Entreprises ; Transport ; Equipement, Habitat et Aménagement du Territoire ; et Intérieur) à avoir été interpellés par la Cour des Comptes, dans son 21ème rapport (dont des extraits ont été récemment rendus publics) sur des questions les concernant directement ou indirectement, généralement des stratégies et des politiques décidées afin d'améliorer l'organisation, le fonctionnement et l'efficience des structures et secteurs relevant de leur tutelle. En matière de santé publique, la Cour des Comptes, que préside Mme Faïza Kéfi, a constaté des retards et des lacunes dans la mise en uvre de «la stratégie nationale de développement de la médecine d'urgence», et dans le «contrôle exercé par l'Etat sur les établissements sanitaires privés».
Le ministère de l'Agriculture et Ressources hydrauliques a été interpellé lui aussi sur deux dossiers : «la stratégie de développement du secteur oléicole (transformation et exportation», où les réalisations sont en deçà des objectifs en ce qui concerne l'augmentation de la capacité de traitement pour écourter la période de trituration, et des quantités d'huile d'olive conditionnée, l'équipement des unités de transformation en laboratoires physico-chimiques, et la création de marques d'origine contrôlée), et la situation financière (déséquilibrée) et organisationnelle de l'Office des Terres Domaniales, qui a eu pour conséquences la baisse des investissements, le vieillissement des moyens de production et le recul de la rentabilité.
Le ministère des Affaires de la Femme, de la Famille, de l'Enfance et des Personnes âgées s'est, quant à lui, vu reprocher une «insuffisance au niveau du suivi administratif» des services régionaux de l'enfance, la faiblesse du taux de consommation des crédits alloués à la formation, l'absence de moyens adéquats pour la collecte et l'analyse des données afférentes aux secteurs relevant de sa compétence, le non-accomplissement par certaines directions de la mission qui leur est confiée, l'absence d'inventaire du patrimoine, etc.
L'examen de la situation de l'Université de Tunis El Manar, dont relèvent quinze établissements d'enseignement supérieur et de recherche scientifique, a révélé les difficultés qu'elle rencontre dans ses relations en matière de tutelle financière, administrative, et pédagogique- avec ces établissements, notamment en raison du manque de cadres supérieurs ayant les compétences requises, et de lacunes au niveau de l'organigramme.
En ce qui concerne le secteur touristique à propos duquel la Cour met en exergue à la fois «des résultats positifs dépassant les prévisions», et l'existence de «certaines insuffisances», qui font que «le taux d'occupation des unités hôtelières se situe aux environs de 50% et le niveau des recettes en devises par touriste comparé aux pays concurrents demeure faible»-, l'institution a choisi de faire un focus sur l'Office National du Tourisme Tunisien (ONTT), dont quelques faiblesses sont mises en évidence. D'abord, l'ONTT «continue à lancer des campagnes qui diffèrent d'un pays à un autre», dont il n'évalue pas systématiquement les résultats. Ensuite, cet organisme ne collecte pas de données statistiques sur le nombre réel de touristes attirés par les tours opérateurs; ce qui a fait que 65% d'entre eux en 2003 et 23% en 2004 «ont été payés alors qu'ils n'ont pas respecté leurs engagements quant au nombre contractuel de touristes devant être attirés en Tunisie». De même, l'enquête de la Cour a révélé que, en raison d'un nombre insuffisant d'inspecteurs, l'Office contrôlait moins du quart des projets réalisés afin de vérifier leur conformité aux plans approuvés, 36% des agences de voyage, 24% des restaurants et 10% seulement des hôtels opérationnels.
En plus du secteur de l'huile d'olive, le ministère de l'Industrie, de l'Energie et des Petites et Moyennes Entreprises a été interpellé à propos de la Société Tunisienne des Industries de Raffinage (STIR), dont la Cour a fait ressortir «des difficultés structurelles tenant, principalement, à des modes et des moyens de production vétustes qui n'en garantissent pas la rentabilité».
Le ministère du Transport a, quant à lui, eu à répondre de la situation du Transport du Sahel (S.T.S.), dont la Cour fait ressortir à la fois des performances (amélioration de l'organisation et des méthodes de gestion, investissements importants dans l'extension du parc) et des faiblesses (absence de carte exhaustive et actualisée du réseau de lignes exploitées et, partant, impossibilité de suivre l'évolution des indicateurs d'exploitation et de rationaliser l'activité, déséquilibre financier en raison d'une compensation inadéquate du titre de transport des élèves et étudiants, lacunes dans l'entretien du parc, etc.).
Le ministère de l'Equipement, de l'Habitat et de l'Aménagement du Territoire a eu à répondre du dossier de la Société Nationale Immobilière de Tunisie Sud (SNIT SUD) dont la Cour a fait ressortir les insuffisances en matière d'acquisition, de gestion et d'immatriculation du patrimoine foncier -ce qui a mis la société dans «l'impossibilité de réaliser ses projets par manque de terrains dans les zones demandées»- et de régularisation de la situation foncière des logements.
Enfin, pour les collectivités locales et le ministère de l'Intérieur et du Développement local, le principal problème concerne l'informatisation des communes. Tout en soulignant les réalisations importantes dans ce domaine, la Cour des Comptes note que «la programmation et l'exécution» du plan d'action pour l'introduction de l'informatique, «n'ont pas été entourées des garanties nécessaires» et «les objectifs fixés n'ont pas été atteints». Le rapport de la Cour relève l'absence de protection des équipements informatiques et de mise à profit des «avantages du travail en réseau», et de programme de formation, l'insuffisance du nombre de techniciens informatiques, etc. Ce qui fait dire à la Cour qu'«à l'exception de l'application Madania, dont le taux d'exploitation est de l'ordre de 100% ( ) ; l'informatique n'a pas encore favorisé l'amélioration de la qualité des services communaux rendus aux citoyens».