Un système d'alerte précoce combinant la modélisation structurelle de la protéine Spike avec l'intelligence artificielle (IA) pour détecter et surveiller les variants à haut risque du SRAS-CoV-2, a été développé et testé avec succès par BioNTech, société d'immunothérapie de nouvelle génération et InstaDeep, société tunisienne, leader dans les produits d'intelligence artificielle (IA) décisionnels pour l'entreprise. Il s'agit d'une nouvelle méthode de calcul qui analyse les données de séquençage disponibles dans le monde entier, ont annoncé les deux partenaires, mardi 11 janvier 2022. Le système d'alerte précoce est entièrement évolutif à mesure que de nouvelles données de variante deviennent disponibles et signale, grâce à la modélisation structurelle de la protéine virale Spike et les algorithmes d'IA, les variantes à haut risque potentielles, en moins d'une journée, a-t-on expliqué. Les entreprises ont validé ces prédictions à l'aide de données expérimentales générées en interne et de données accessibles au public. Au cours de la période d'essai, le système a identifié plus de 90 % des variantes désignées par l'Organisation mondiale de la santé (variantes préoccupantes, COV, variantes intéressantes, VOI ; variantes sous surveillance, VUM) en moyenne deux mois à l'avance. Les variants Alpha, Beta, Gamma, Theta, Eta et Omicron désignées par l'OMS ont été détectées par l'EWS (Early Warning System) au cours de la même semaine où sa séquence a été téléchargée pour la première fois. La variante Omicron a été classée comme variante à haut risque le jour même où sa séquence est devenue disponible. La variante IHU observée en France a également été évaluée par l'EWS, qui a mis en évidence des propriétés d'échappement immunitaire relativement proches de l'Omicron mais avec une fitness nettement inférieure, ce qui la rend moins préoccupante au vu des données actuelles. Les résultats de l'étude soulignent que le système d'alerte précoce est entièrement évolutif à mesure que de nouvelles données de variante deviennent disponibles. " Avec les méthodes de calcul avancées que nous avons développées au cours des derniers mois, nous pouvons analyser les informations de séquence de la protéine Spike et classer les nouvelles variantes en fonction de leur échappement immunitaire prédit et de leur score de liaison ACE2 ", a déclaré Ugur Sahin, MD, PDG et co-fondateur de BioNTech. " Le signalement précoce des variantes potentielles à haut risque pourrait être un outil efficace pour alerter les chercheurs, les développeurs de vaccins, les autorités sanitaires et les décideurs politiques, offrant ainsi plus de temps pour répondre aux nouvelles variantes préoccupantes ". " Plus de 10 000 nouvelles séquences de variantes sont actuellement découvertes chaque semaine et les experts humains ne peuvent tout simplement pas gérer des données complexes à cette échelle. Nous avons relevé ce défi en déployant les puissantes capacités d'IA de la plateforme DeepChain d'InstaDeep combinées au savoir-faire et à la technologie SARS-CoV-2 de BioNTech ", indique, de son côté, Karim Beguir, co-fondateur et PDG d'InstaDeep. Et d'ajouter: "Pour la première fois, des variantes à haut risque ont pu être détectées sur place, ce qui pourrait faire gagner des mois de temps précieux. Nous sommes heureux de rendre nos travaux de recherche accessibles au public et, plus important encore, nous attendons avec impatience son impact continu dans le monde réel ".
