كشفت هيئة الدفاع عن الشهيدين شكري بالعيد ومحمد البراهمي، أن قاضي التحقيق المتعهّد بملف الاغتيال وجّه تهمة القتل العمد إلى مصطفى خضر وقام باستنطاقه بتاريخ 3 جانفي 2019، كما سيستمع إليه ثانية يوم 16 جانفي 2019. وقالت هيئة الدفاع في ندوة صحفية عقدت الخميس 10 جانفي 2019، إن مصطفى خضر اعترف خلال استنطاقه بأن مجموعة من الأشخاص تعمدت يوم عيد الشهداء (9 أفريل 2012)، رشق المواطنين بالحجارة، ومن بين المعتدين عامر البلعزي (ورد اسمه في أحد الوثائق بالغرفة السوداء لوزارة الداخلية وهو متهم في قضيّة اغتيال البراهمي وبلعيد باعتباره ألقى المسدسين الواقع بهما الاغتيال بالبحر، وقد أقرّ مصطفى خضر بعلاقته به).
وبينت هيئة الدفاع أن محضر البلعزي تمت إزالته من ملف الشهيدين بلعيد والبراهمي في وحدة الأبحاث بالعوينة كما تمت إزالته من الملف الموجود لدى حاكم التحقيق، مشيرة إلى أن عامر البلعزي كان يستعمله مصطفى خضر في مهمات للاعتداء على أشخاص في المظاهرات كما استعمله في إخفاء المسدسين اللذين تم بهما اغتيال بلعيد والبراهمي، على حد قولها.
ولفتت الهيئة إلى أن الجهاز السري لحركة النهضة كان يسعى لعدم كشف العلاقة بين خضر والبلعزي، وفق تعبيرها.
وأشارت الهيئة إلى ما وصفته ب"المثلث الخطير" الذي يربط مصطفى خضر بالجهاز السري لحركة النهضة والاغتيال السياسي".
في سياق متصل كشفت الهيئة أن مصطفى خضر اعترف بعلاقته بخال أبو بكر الحكيم الذي أعطاه معلومات عن ابن أخته، أرسلها خضر فيما بعد إلى وزارة الداخلية، مذكرة بالمداهمة "الفاشلة" لمنزل خالة ابو بكر الحكيم بتاريخ 17 جويلية 2013، حيث لم يتمّ العثور عليه (ابو بكر الحكيم) لأنه تمكن من الهرب، بناء على المعلومات التي قدمها خضر لوزارة الداخلية، وفق قولها.
واستنتجت هيئة الدفاع أن مصطفى خضر كان على رأس عملية اغتيال البراهمي، وفقا لما صرحت به في الندوة الصحفية بمقر نقابة الصحفيين.
يذكر أنه جدت يوم الاثنين 9 أفريل 2012 يوم عيد الشهداء أحداث عنف واعتداءات على المتظاهرين من قبل أعوان الأمن بالعاصمة، ولم يكشف إلى اليوم رغم تشكل لجنة تحقيق برلمانية في الغرض حقيقة ما حدث ذلك اليوم ولماذا تمّ الاعتداء على المتظاهرين.
