وضع الرئيس المؤقت المنصف المرزوقي علاقة تونس مع مصر في موقع الاختلاف حول طريقة الحكم داخلياً، والتعامل مع الوضع في ليبيا إقليمياً، مؤكداً الاستعداد لمواجهة أي محاولة للتدخل في الشأن الداخلي التونسي خصوصاً أثناء الانتخابات إن عبر الإرهاب أو عبر المال الفاسد حسب تعبيره. وقال المرزوقي، في حديث لصحيفة الحياة، على هامش اشغال الجمعية العامة للأمم المتحدة: "كنت أتمنى أن تكون العلاقة مع مصر في مستوى أفضل لكن لدينا توجهين مختلفين في ما يخص معالجة المشاكل الداخلية أو التعامل مع المشاكل الخارجية"، متمنياً أن تكون هناك فرص لتنسيق الأفكار في المستقبل. وعما إذا كان يتهم مصر بالتدخل في الشأن الداخلي التونسي قال المرزوقي: "لا، لكن هناك أطرافاً عدة تفعل وهم يعلمون بالضبط من أقصد.. ونحن سنقف بقوة وسندين أي طرف يحاول التدخل في شؤوننا الداخلية.. مرة أخرى نحن لا نتدخل في شؤون أي دولة عربية، نحن لا نطمح لإعطاء درس لأحد، لكن دعونا وشأننا". كما أوضح الرئيس المؤقت أن تونس تنسّق إقليمياً ودولياً في شأن ليبيا مع الجزائر والأوروبيين، والإيطاليين والفرنسيين وكل القوى التي تريد حلاً سياسياً، مستثنياً مصر. كما شدد على رفضه الحل العسكري في ليبيا، معتبرا أن المراهنة على أي حل عسكري خطأ قد يؤدي إلى اشتعال حرب أهلية وتقسيم ليبيا وهذا سيكون له ضرر على الجارتين الجزائر ومصر وليس فقط على الجارة تونس.