قال رئيس حركة النهضة راشد الغنوشي في تعليقه على قضية ما يعرف بالجهاز السري للنهضة وعلاقته بقضية اغتيال الشهيدين شكري بلعيد ومحمد البراهمي، إنّ هناك تشويشا وضغطا وابتزازا للقضاء. ونفى الغنوشي وجود جهاز سريّ لحركة النهضة، مفنّدا انتماء مصطفى خضر المتهم بالقتل العمد في قضية البراهمي، لحركة النهضة. واستدرك "خضر تربطه علاقات إنسانية مع عدد من قيادات حركة النهضة فقط". و أكد الغنوشي إن مصطفى خذر الذي اتهمته هيئة الدفاع عن الشهيدين بلعيد والبراهمي برئاسة ما وصفته بالجهاز السري للنهضة ليس مجرما ولا ينتمي لحركة النهضة مبينا ان 'مصطفى خذر اشتغل حتى مع البوليس لإعانته على ملاحقة الإرهاب'. و قال راشد الغنوشي في كلمة له خلال ندوة من تنظيم مركز الدراسات الاستراتيجية والديبلوماسيّة أن مصطفى خذر اشتغل في قضايا لا تخصه وجمع ثائق أمنية كانت ملقاة في الشوارع في الثورة. كما أضاف الغنوشي أن مصطفى خذر أحد ضحايا القمع مع غيره من العسكريين وغادر السجن وهو له علاقة بعدد من النهضويين وغير النهضويين. وأشار رئيس حركة النهضة إلى استعمال بعض الأطراف لقضايا الاغتيالات لأهداف سياسية، معبّرا عن خشيته أن يكون الهدف من ذلك "إمّا تعطيل إجراء انتخابات 2019 أو الوصول إليها دون حركة النهضة أو أن تكون الحركة مشوهة" وفق قوله. وتابع الغنوشي "هناك حملة انتخابية سابقة لأوانها تقودها أحزاب خسرت أمام حركة النهضة كالجبهة الشعبية".